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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m9s | |||||||||
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タイトル | Human angiogenin ALS variant V103I | |||||||||
要素 | Angiogenin | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ALS (筋萎縮性側索硬化症) / RNase (リボヌクレアーゼ) / angiogenesis (血管新生) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / oocyte maturation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / homeostatic process / rRNA transcription / activation of phospholipase C activity / 基底膜 / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of phosphorylation / RNA endonuclease activity / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / activation of protein kinase B activity / response to hormone / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / 遊走 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / マイクロフィラメント / heparin binding / 染色体 / actin binding / antibacterial humoral response / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / endonuclease activity / negative regulation of translation / response to hypoxia / rRNA binding / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / signaling receptor binding / 自然免疫系 / neuronal cell body / 核小体 / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Bradshaw, W.J. / Rehman, S. / Pham, T.T.K. / Thiyagarajan, N. / Lee, R.L. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structural insights into human angiogenin variants implicated in Parkinson's disease and Amyotrophic Lateral Sclerosis. 著者: Bradshaw, W.J. / Rehman, S. / Pham, T.T. / Thiyagarajan, N. / Lee, R.L. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m9s.cif.gz | 41 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m9s.ent.gz | 27.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m9s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m9s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14314.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANG, RNASE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-TAR / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Na/K tartrate 0.1 M MES 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→67.4 Å / Num. obs: 14125 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 723 / CC1/2: 0.461 / % possible all: 76.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ANG 解像度: 1.85→67.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.118 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.444 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→67.35 Å
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拘束条件 |
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