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- PDB-6uof: 1.2 Angstrom Resolution Crystal Structure of CBS Domains of Trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uof
タイトル1.2 Angstrom Resolution Crystal Structure of CBS Domains of Transcriptional Regulator from Streptococcus pneumoniae
要素Transcriptional regulator containing CBS domains
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Transcriptional regulator / CBS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DRTGG / DRTGG domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / : / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / HotDog domain superfamily / CBS domain ...DRTGG / DRTGG domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / : / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / HotDog domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / CBS domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.2 Angstrom Resolution Crystal Structure of CBS Domains of Transcriptional Regulator from Streptococcus pneumoniae
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator containing CBS domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9754
ポリマ－13,8101
非ポリマー1653
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.313, 42.872, 89.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator containing CBS domains


分子量: 13810.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: spr0991 / プラスミド: pMCSG92 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q8DPV2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細During the crystallization experiment hydrolysis of the protein occurred, probably due to ...During the crystallization experiment hydrolysis of the protein occurred, probably due to contamination with peptidases. The exact length of the protein remaining after hydrolysis is unknown. The presented sequence corresponds to the portion of the protein observed in the electron density.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 7.12 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3. Screen: Classics II (H1), 0.2M Magnesium chloride, 0.1M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月7日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 33475 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.078 / Χ2: 1.147 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1641 / CC1/2: 0.901 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.845 / Rsym value: 0.781 / Χ2: 1.004 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→26.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.182 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.045
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 1724 5.2 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
obs0.1675 31651 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.17 Å2 / Biso mean: 16.808 Å2 / Biso min: 10.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→26.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数949 0 9 173 1131
Biso mean--28.17 28.13 -
残基数----119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131067
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.6581455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.451.5812416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5255143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.692061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.95115190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.9741513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0530.021217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0480.02234
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.20132108
LS精密化 シェル解像度: 1.201→1.233 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 126 -
Rwork0.314 2237 -
all-2363 -
obs--96.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79420.9941-0.33441.7886-0.64271.13390.00580.1661-0.0441-0.05490.00930.06640.046-0.1104-0.01510.0234-0.00910.00220.2187-0.00660.010322.779920.86217.1152
21.57870.0591-0.26220.71790.42351.85680.0121-0.06930.17770.0485-0.0136-0.0195-0.0725-0.01580.00150.0386-0.0064-0.0050.18080.00190.02332.794231.764210.4295
30.94670.874-0.21471.32310.09660.72890.0529-0.0723-0.0661-0.011-0.0861-0.1039-0.02060.04820.03320.0449-0.0023-0.01460.24760.00840.060237.341925.775410.8288
40.3253-0.3282-0.35560.8782-0.7143.34-0.02860.0407-0.05510.03080.03510.02050.0699-0.1032-0.00650.0384-0.0142-0.00380.1902-0.00030.037226.677116.514312.6299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A185 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2A205 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3A240 - 266
4X-RAY DIFFRACTION4A267 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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