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- PDB-5kjf: V222I horse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kjf
タイトルV222I horse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and trifluoroethanol
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / Michaelis analogue / dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Plapp, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM078446 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Contribution of buried distal amino acid residues in horse liver alcohol dehydrogenase to structure and catalysis.
著者: Shanmuganatham, K.K. / Wallace, R.S. / Ting-I Lee, A. / Plapp, B.V.
履歴
登録2016年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,11415
ポリマ－79,7352
非ポリマー2,37913
水16,430912
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area27020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.200, 51.330, 92.530
Angle α, β, γ (deg.)91.88, 103.06, 109.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 39867.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: liver肝臓 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ

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非ポリマー , 5種, 925分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル / 2,2,2-トリフルオロエタノール


分子量: 100.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#5: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: BLOCK
結晶化温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7
詳細: 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL) METHYL]-2-AMINOETHANE SULFONATE, PH 6.7 (AT 25 C), 0.25 MM EDTA, 10 MG/ML PROTEIN, 1 MM NAD+, 100 MM 2,2,2-TRIFLUOROETHANOL, 12 TO 25 % 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 204334 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.63 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 64.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KJC

5kjc


解像度: 1.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.388 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15312 2070 1 %RANDOM
Rwork0.13282 ---
obs0.13302 202264 88.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å2-0.08 Å20.41 Å2
2--0.34 Å2-0.13 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5572 0 144 912 6628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.026085
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7922.028261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0133.00214018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1395772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82524.764212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.456151118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8551524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.211.4893039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2091.4893038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4162.2453804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4172.2453805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0011.8033046
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0021.8043047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3242.5954447
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.48214.5377659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.67513.1387015
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.195312112
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.25210201
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.3151012716
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 107 -
Rwork0.291 10365 -
obs--61.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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