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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k3b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - Asp110Asn/Chloroacetate - Cocrystallized | ||||||
要素 | Fluoroacetate dehalogenaseHaloacetate dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Homodimer / Dehalogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 haloacetate dehalogenase / haloacetate dehalogenase activity / epoxide hydrolase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Mehrabi, P. / Kim, T.H. / Prosser, S.R. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: The role of dimer asymmetry and protomer dynamics in enzyme catalysis. 著者: Kim, T.H. / Mehrabi, P. / Ren, Z. / Sljoka, A. / Ing, C. / Bezginov, A. / Ye, L. / Pomes, R. / Prosser, R.S. / Pai, E.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k3b.cif.gz | 144.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k3b.ent.gz | 110.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/5k3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/5k3b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34072.676 Da / 分子数: 2 / 変異: D110N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌) 株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA1163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NAM1, haloacetate dehalogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-R3W / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 3350 19-22%, 200mM Calcium chloride, 100mM Tris HCL pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→18.8 Å / Num. obs: 72586 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.252 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3R3U 解像度: 1.58→18.792 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.51
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.52 Å2 / Biso mean: 16.6758 Å2 / Biso min: 4.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.58→18.792 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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