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- PDB-5jlx: AntpHD with 15bp DNA duplex S-monothioated at Cytidine-8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jlx
タイトルAntpHD with 15bp DNA duplex S-monothioated at Cytidine-8
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
  • Homeotic protein antennapediaホメオシス
キーワードTranscription Regulator/DNA / HOMEODOMAIN (ホメオボックス) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / COMPLEX (HOMEODOMAIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / Transcription Regulator-DNA complex / monothiolated DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis ...specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis / heart development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain ...Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeotic protein antennapedia
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.748 Å
データ登録者White, M.A. / Zandarashvili, L. / Iwahara, J. / Nguyen, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Stereospecific Effects of Oxygen-to-Sulfur Substitution in DNA Phosphate on Ion Pair Dynamics and Protein-DNA Affinity.
著者: Nguyen, D. / Zandarashvili, L. / White, M.A. / Iwahara, J.
履歴
登録2016年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Structure summary
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeotic protein antennapedia
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
D: Homeotic protein antennapedia
E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4859
ポリマ－34,3096
非ポリマー1763
水52229
1
A: Homeotic protein antennapedia
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2725
ポリマ－17,1543
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8670 Å2
手法PISA
2
D: Homeotic protein antennapedia
E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2134
ポリマ－17,1543
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.864, 75.581, 91.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-106-

HOH

詳細There are two protein:DNA complexes in the a.u.

-
要素

#1: タンパク質 Homeotic protein antennapedia / ホメオシス


分子量: 7961.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C335S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Antp, CG1028 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02833
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4667.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4525.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20mM bis-Tris propane, 10mM NiCl2, 4-6% 2-methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 6.0 - 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.748→50 Å / Num. obs: 11412 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.302 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XID

4xid


解像度: 2.748→36.666 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 455 5 %
Rwork0.1926 --
obs0.1954 9098 78.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.748→36.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1048 1218 3 29 2298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7863526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.5391236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.748-3.14550.37881030.27531960X-RAY DIFFRACTION55
3.1455-3.96220.2571550.19592950X-RAY DIFFRACTION82
3.9622-36.66960.22061970.17853733X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07930.1070.01560.2455-0.06790.1054-0.2524-0.2647-0.1306-0.0528-0.0616-0.43420.2151-0.0169-0.07710.34170.13610.03260.489-0.14870.323924.494814.23771.7546
20.03480.0373-0.0010.0424-0.010.0022-0.0126-0.0217-0.13760.00260.1135-0.023-0.0075-0.11280.01330.49050.2273-0.04780.4266-0.040.310117.183914.46567.5946
30.11710.02120.07170.00970.08020.3549-0.0739-0.04160.0048-0.11050.04330.21850.20010.082-0.1499-0.22950.5156-0.73530.04890.527-0.75039.478414.80438.1004
40.0242-0.0147-0.01020.0160.00590.0123-0.0580.08440.10020.2989-0.0775-0.0450.3282-0.1658-0.00010.7620.2024-0.29070.6677-0.15490.7985.704120.99372.4133
50.04830.0249-0.05030.0111-0.03230.0583-0.5358-0.1331-0.048-0.4036-0.40280.253-0.2264-0.1055-0.00250.34590.0777-0.05480.6623-0.11120.442512.34929.4024.3797
60.03090.00860.02020.02-0.00690.0140.1273-0.2344-0.02060.02450.055-0.0291-0.01670.0728-0.00120.4317-00.01330.5201-0.05940.502518.695826.19257.6725
70.10710.1141-0.01770.1297-0.01450.0055-0.21950.1762-0.1198-0.1736-0.0637-0.1885-0.2668-0.0204-0.04030.51980.1016-0.08060.4830.10690.28720.543624.40270.093
80.00710.0038-0.0216-0.00060.00040.0112-0.19160.39620.1119-0.3588-0.24610.14670.2752-0.13430.00040.22960.0268-0.0410.38540.02050.416414.405319.064-2.9278
90.1143-0.0102-0.03130.0095-0.00380.0051-0.02590.07530.0947-0.11010.0650.1420.1629-0.21390.15150.5179-0.0083-0.28780.5536-0.21310.72588.937112.4765-3.3529
100.0102-0.00270.00780.00660.00280.0074-0.23070.01590.00890.08120.03420.08910.0909-0.02470.00051.361-0.1807-0.01340.6906-0.08361.00383.78427.6896-3.0351
110.00490.02350.00480.3152-0.31840.30790.07540.13730.18340.0166-0.2479-0.1137-0.10440.2144-0.1170.82990.28-0.10450.6010.23310.76966.468334.6891-11.4677
120.56720.3722-0.53810.821-0.12740.53320.79340.5063-0.72850.0129-0.31280.28130.1217-0.18960.07910.82490.2632-0.290.7146-0.12030.659810.202215.5232-13.7931
130.00890.00030.00930.0214-0.00330.00540.13160.6109-0.4756-0.114-0.05890.2009-0.14830.14140.00050.70250.1824-0.11070.71690.02960.580327.23948.6331-10.0784
140.6457-0.2842-0.4040.61950.29620.23250.10710.571-0.44450.5922-0.3941-0.3873-0.1511-0.796-0.04060.75360.1452-0.18260.4579-0.10950.508621.58515.7992-8.6998
150.0075-0.02770.01230.1725-0.10970.0646-0.02030.67030.27770.1362-0.13570.0089-0.40980.07120.00531.05850.572-0.1821.09640.10360.794913.745221.4198-17.6801
160.03160.0377-0.01080.0342-0.0140.01360.33580.04840.0725-0.29660.00180.14160.0484-0.1770.00031.11110.1329-0.08550.5441-0.11320.71260.797127.7351-11.6482
170.00350.0086-0.00060.0008-0.0037-0.0001-0.37020.23150.20960.4746-0.2711-0.0447-0.2847-0.05490.00060.6148-0.0088-0.17340.45270.01630.584715.713630.820529.2569
180.01190.01570.01080.0193-0.00450.0134-0.42240.21210.0741-0.183-0.19740.1037-0.30620.13140.00070.36010.0876-0.00350.47820.02940.576112.709726.893117.4892
190.3147-0.0366-0.00070.0227-0.05470.21550.0389-0.1657-0.223-0.11060.2480.01750.0641-0.21730.1943-0.07670.132-0.44720.1597-0.06930.134211.917517.945218.5551
200.0385-0.0470.06270.0884-0.0740.1036-0.021-0.13290.0263-0.16010.02990.2980.0613-0.2783-0.03210.2952-0.10560.18670.2715-0.0740.577910.078511.057119.048
210.1257-0.02930.0510.017-0.00190.16760.1433-0.19420.0422-0.2164-0.03230.20450.01430.18640.03060.42870.25490.2180.16110.08540.541920.188910.265424.5741
220.0074-0.00090.00570.16120.01850.01520.05440.2895-0.0888-0.24880.08450.1843-0.02020.10860.09350.19890.01270.12550.4077-0.09040.338624.100914.07219.6314
230.0027-0.0013-0.00020.0180.00230.00930.06660.014-0.1396-0.02080.2774-0.4499-0.1957-0.0577-0.00150.2760.09390.00080.37080.08950.509623.001321.865219.0714
240.0209-0.02880.01680.0368-0.01820.01850.0978-0.0768-0.1588-0.0373-0.1125-0.0067-0.1417-0.06510.00410.5737-0.1450.0230.57490.08920.231423.853622.717224.7137
250.1683-0.0768-0.02970.0280.01490.0339-0.3281-0.4105-0.2236-0.1294-0.14760.22860.0922-0.0366-0.17390.29270.08650.03140.3310.04040.26615.666918.641828.8672
260.01570.00370.01390.00750.010.0107-0.15880.0475-0.21360.26140.134-0.143-0.0509-0.037-00.34720.02920.11050.66460.15730.59026.694613.889829.2731
270.01430.00840.00610.0032-0.00020.0069-0.04180.0424-0.0325-0.1541-0.05030.06690.0768-0.01170.00010.6043-0.18990.07350.945-0.07820.55970.724613.073829.8959
28-0.0032-0.00590.0375-0.0111-0.02880.0876-0.22320.61750.2760.41260.22460.247-0.3645-0.2014-0.00020.31370.0186-0.01770.50310.07970.514524.53997.777636.8248
290.267-0.13980.24870.3611-0.20870.2437-0.13280.37150.11550.462-0.230.28620.1625-0.2325-0.50820.65140.19440.37760.60290.18880.70959.133318.851942.0381
300.03140.0220.04650.01240.02130.02560.03040.21950.21360.46540.00580.1735-0.41420.49410.00010.68570.2468-0.25370.85010.02510.7828.912433.917735.7797
310.0039-0.0079-0.00970.01210.01210.0123-0.52270.18250.03650.3384-0.3967-0.03140.0303-0.21690.00210.59340.12340.07830.5613-0.21271.0158-1.200430.916935.8541
320.11770.0906-0.01660.1528-0.09120.1068-0.0422-0.03610.24680.604-0.25880.1596-0.15130.0768-0.00190.4510.1889-0.01240.6002-0.14460.625313.353924.860834.2385
331.137-0.4762-0.79040.9820.60780.7148-0.55420.2338-0.31880.54030.0877-0.4156-0.5182-0.3548-0.05820.97870.181-0.17120.69010.05030.740819.42778.64441.0414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:13)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 14:17)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 18:23)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 24:28)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 29:33)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 34:38)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 39:44)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 45:52)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 53:56)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 57:61)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 1:5)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 6:11)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 12:15)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 1:7)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 8:11)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 12:15)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 1:10)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 11:15)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 16:21)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 22:25)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 26:29)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 30:34)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 35:39)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 40:43)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 44:53)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 54:57)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain D and resid 58:61)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain E and resid 1:7)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain E and resid 8:11)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain E and resid 12:15)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain F and resid 1:4)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain F and resid 5:8)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain F and resid 9:15)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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