+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jlw | ||||||
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Title | AntpHD with 15bp DNA duplex R-monothioated at Cytidine-8 | ||||||
Components |
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Keywords | Transcription Regulator/DNA / HOMEODOMAIN / DNA-BINDING PROTEIN / COMPLEX (HOMEODOMAIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / Transcription Regulator-DNA complex / monothiolated DNA | ||||||
Function / homology | Function and homology information specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis ...specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis / heart development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.088 Å | ||||||
Authors | White, M.A. / Zandarashvili, L. / Iwahara, J. / Nguyen, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2016 Title: Stereospecific Effects of Oxygen-to-Sulfur Substitution in DNA Phosphate on Ion Pair Dynamics and Protein-DNA Affinity. Authors: Nguyen, D. / Zandarashvili, L. / White, M.A. / Iwahara, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jlw.cif.gz | 181.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jlw.ent.gz | 144.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jlw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5jlw_validation.pdf.gz | 466.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5jlw_full_validation.pdf.gz | 467.8 KB | Display | |
Data in XML | 5jlw_validation.xml.gz | 11.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5jlw_validation.cif.gz | 16.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5jlxC 4xidS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | There are two protein:DNA complexes in the a.u. |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 7961.297 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C335S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Antp, CG1028 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P02833 |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules BECF
#2: DNA chain | Mass: 4667.128 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: R-Monothiolated phosphate at Cytidine 8 / Source: (synth.) unidentified (others) #3: DNA chain | Mass: 4525.944 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) unidentified (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 221 molecules
#4: Chemical | ChemComp-NI / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20mM bis-Tris propane, 10mM NiCl2, 4-6% 2-methyl-2,4-pentanediol PH range: 6.0 - 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cryostream |
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: BRUKER D8 QUEST / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: BRUKER PHOTON 100 / Detector: CMOS / Date: Dec 9, 2015 / Details: Helios |
Radiation | Monochromator: Multilayer / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.088→19.3 Å / Num. obs: 48110 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 5.72 % / Rmerge(I) obs: 0.0791 / Rsym value: 0.0499 / Net I/σ(I): 11.99 |
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.19 Å / Redundancy: 4.28 % / Rmerge(I) obs: 0.5032 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / % possible all: 92.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4XID Resolution: 2.088→19.298 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.088→19.298 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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