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万見
- PDB-9ant: ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ant
タイトルANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX
要素
  • ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / HOMEODOMAIN / DNA-BINDING PROTEIN / COMPLEX (HOMEODOMAIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis ...specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis / heart development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / : / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain ...Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / : / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DNA / DNA (> 10) / Homeotic protein antennapedia
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fraenkel, E. / Pabo, C.O.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Comparison of X-ray and NMR structures for the Antennapedia homeodomain-DNA complex.
著者: Fraenkel, E. / Pabo, C.O.
履歴
登録1998年7月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
A: ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN
B: ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5947
ポリマ－34,5356
非ポリマー591
水68538
1
C: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
A: ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2673
ポリマ－17,2673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
B: ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3264
ポリマ－17,2673
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.050, 77.750, 94.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4651.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4525.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#3: タンパク質 ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN / HD


分子量: 8090.411 Da / 分子数: 2 / Fragment: HOMEODOMAIN / Mutation: C39S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02833
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 1-5% MPD 20 MM BIS-TRIS-PROPANE, PH 7.0 10 MM NICL2
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NICL211
2BIS-TRIS-PROPANE11
3MPD11
4MPD12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
25.7 mMDNA1drop
31-5 %1reservoir
420 mMBis-Tris propane1reservoirpH7.0
510 mM1reservoirNiCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 17753 / Num. obs: 17753 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Num. measured all: 309545 / Rmerge(I) obs: 0.088

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1767 10.2 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 17359 95.7 %-
all-17359 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 1218 1 38 2297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.852
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.242
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.532.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 276 10.5 %
Rwork0.336 2361 -
obs--89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARNDBX.DNATOPNDBX.DNA
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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