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- PDB-5id1: Cetuximab Fab in complex with MPT-Cys meditope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5id1
タイトルCetuximab Fab in complex with MPT-Cys meditope
要素
  • (Cetuximab Fab ...) x 2
  • Meditope
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / anti-EGFR
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / リン酸塩
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Cyclization strategies of meditopes: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes.
著者: Bzymek, K.P. / Ma, Y. / Avery, K.A. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2016年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
E: Meditope
F: Meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,54311
ポリマ－96,9426
非ポリマー6015
水7,548419
1
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
F: Meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8826
ポリマ－48,4713
非ポリマー4113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
2
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
E: Meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6615
ポリマ－48,4713
非ポリマー1902
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.160, 83.160, 212.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Cetuximab Fab light chain


分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)
#2: 抗体 Cetuximab Fab heavy chain


分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 3分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Meditope


分子量: 1457.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 423分子

#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M CITRIC ACID, 0.1 M SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.4 M POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 1.6 M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月12日
放射モノクロメーター: VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→34.43 Å / Num. obs: 40643 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 39.42
反射 シェル解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Mean I/σ(I) obs: 11 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GW1

4gw1


解像度: 2.49→34.43 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 2033 5 %
Rwork0.173 --
obs0.175 40633 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→34.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6679 0 34 419 7132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1919374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6812445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.54370.29061250.19692361X-RAY DIFFRACTION92
2.5437-2.60730.29231310.19572494X-RAY DIFFRACTION98
2.6073-2.67780.28691360.19412576X-RAY DIFFRACTION100
2.6778-2.75660.25881340.20142546X-RAY DIFFRACTION100
2.7566-2.84550.26541330.20172542X-RAY DIFFRACTION100
2.8455-2.94710.25911340.20122545X-RAY DIFFRACTION100
2.9471-3.06510.23631370.20422607X-RAY DIFFRACTION100
3.0651-3.20450.26991350.19362562X-RAY DIFFRACTION100
3.2045-3.37330.27361360.17792577X-RAY DIFFRACTION100
3.3733-3.58440.211350.17142565X-RAY DIFFRACTION100
3.5844-3.86080.21441350.16392575X-RAY DIFFRACTION100
3.8608-4.24870.1761380.1452604X-RAY DIFFRACTION100
4.2487-4.86210.15091370.12722616X-RAY DIFFRACTION100
4.8621-6.12010.17831400.14982650X-RAY DIFFRACTION100
6.1201-34.43580.20661470.19332780X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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