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- PDB-5hxb: Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hxb
タイトルCereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 / ubiquitin (ユビキチン) / DCAF / cereblon / DDB1 / CRL4 / cullin / IMiD / GSPT1 / CRBN
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor complex / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translational termination / translation release factor activity / protein methylation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair ...translation release factor complex / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translational termination / translation release factor activity / protein methylation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / Eukaryotic Translation Termination / positive regulation of Wnt signaling pathway / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / viral release from host cell / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / positive regulation of gluconeogenesis / cytosolic ribosome / proteasomal protein catabolic process / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wntシグナル経路 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / protein ubiquitination / 翻訳 (生物学) / DNA修復 / GTPase activity / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / GTP binding / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1480 / LON domain-like / Peptide methionine sulfoxide reductase. / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / CULT domain / CULT domain profile. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1480 / LON domain-like / Peptide methionine sulfoxide reductase. / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / PUA-like superfamily / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Beta Complex / DNA polymerase; domain 1 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-85C / Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chamberlain, P.P. / Matyskiela, M. / Pagarigan, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: A novel cereblon modulator recruits GSPT1 to the CRL4(CRBN) ubiquitin ligase.
著者: Matyskiela, M.E. / Lu, G. / Ito, T. / Pagarigan, B. / Lu, C.C. / Miller, K. / Fang, W. / Wang, N.Y. / Nguyen, D. / Houston, J. / Carmel, G. / Tran, T. / Riley, M. / Nosaka, L. / Lander, G.C. ...著者: Matyskiela, M.E. / Lu, G. / Ito, T. / Pagarigan, B. / Lu, C.C. / Miller, K. / Fang, W. / Wang, N.Y. / Nguyen, D. / Houston, J. / Carmel, G. / Tran, T. / Riley, M. / Nosaka, L. / Lander, G.C. / Gaidarova, S. / Xu, S. / Ruchelman, A.L. / Handa, H. / Carmichael, J. / Daniel, T.O. / Cathers, B.E. / Lopez-Girona, A. / Chamberlain, P.P.
履歴
登録2016年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence ...citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
Y: DNA damage-binding protein 1
Z: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein cereblon
A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,39210
ポリマ－391,3806
非ポリマー1,0134
水0
1
X: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
Y: DNA damage-binding protein 1
Z: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,1965
ポリマ－195,6903
非ポリマー5062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein cereblon
A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,1965
ポリマ－195,6903
非ポリマー5062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.747, 111.522, 175.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.81, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11X
21A
12Y
22B
13Z
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEVALVALXA440 - 6335 - 198
21ILEILEVALVALAF440 - 6335 - 198
12SERSERHISHISYB2 - 11402 - 1140
22SERSERHISHISBD2 - 11402 - 1140
13ASNASNLEULEUZC48 - 44212 - 406
23ASNASNLEULEUCE48 - 44212 - 406

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細trimeric as determined by electron microscopy

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A / eRF3a / G1 to S phase transition protein 1 homolog


分子量: 21995.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSPT1, ERF3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15170
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#3: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 46596.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-85C / 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea


分子量: 440.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClN4O4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350 / PH範囲: 8.4 - 8.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 66582 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3343 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZ4, 3E1Y

4tz4

3e1y


解像度: 3.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 64.833 / SU ML: 0.536 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.644 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 3289 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 62827 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 112.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.62 Å20 Å21.25 Å2
2---8.14 Å20 Å2
3---5.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25025 0 64 0 25089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01925592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0224215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.96334776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0122.99955467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.8853250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.51624.5511035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.831154184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3815115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.24102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02128846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.025609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.5146.52513138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.5126.52513137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.6349.78316342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.6349.78316343
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.2177.04212454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.2147.04212453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.42910.31618435
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined22.27758.11551500
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other22.27758.11651501
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11X225920.11
12A225920.11
21Y1293400.05
22B1293400.05
31Z425440.07
32C425440.07
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 233 -
Rwork0.388 4579 -
obs--93.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1669-0.5212-0.00271.74760.30250.8982-0.10670.0006-0.07020.32570.09180.17790.27990.06940.01490.93630.0250.04620.6926-0.08440.41449.4674-80.7292102.4795
20.41580.79720.07122.56711.14721.024-0.0522-0.03010.1022-0.45490.09150.1168-0.31320.0059-0.03941.0017-0.03230.08530.686-0.08440.425412.1104-4.775475.5159
30.73320.3015-0.50041.4065-0.29640.91590.0538-0.29710.07740.32520.0718-0.69340.26320.4855-0.12560.59110.2377-0.18521.061-0.26280.655542.819-37.9069134.6649
40.8227-0.02230.17230.9281-0.41641.2015-0.00830.1339-0.0372-0.1003-0.0077-0.4126-0.16420.45440.0160.532-0.19140.17411.0248-0.22070.581751.36-47.044150.1205
50.41530.0113-0.51531.1105-0.18510.0036-0.0950.1153-0.0870.1229-0.0882-0.01320.0048-0.12650.77390.06920.03220.7601-0.06850.277710.5444-31.3976116.7175
60.33180.08650.09541.0848-0.05620.828-0.01320.0725-0.04120.03770.1559-0.049-0.01250.0552-0.14270.7733-0.04840.06110.7512-0.07080.263416.0754-54.121261.7448
71.335-0.0519-0.41741.04051.46873.5667-0.1643-0.059-0.25810.21150.2056-0.0976-0.11210.1831-0.04130.79940.1250.01490.6645-0.02810.35623.8159-2.7506155.7365
82.1656-0.92510.98991.76040.90133.1635-0.07230.00230.15580.00720.194-0.08720.13810.0282-0.12170.8382-0.15060.06090.6778-0.04480.296517.5574-82.477322.236
91.1325-0.92120.39582.79620.31880.3688-0.0722-0.02440.024-0.60110.2751-0.3557-0.24250.0484-0.20291.213-0.06630.21160.7682-0.05780.32183.942512.9862134.8985
101.7020.37250.10392.01081.17950.72120.00620.07890.01550.55740.2343-0.27020.30330.1099-0.24051.24290.04-0.06650.7348-0.02570.245513.4798-98.152543.1082
112.2282-0.82810.94135.2409-0.55642.9811-0.1887-0.09650.21310.195-0.0543-0.50380.03640.43530.2430.8919-0.18770.15310.866-0.09730.432312.709337.9356176.0349
123.32440.1333-0.39763.0612-0.82941.7296-0.0344-0.2382-0.0997-0.3857-0.0149-0.00730.55160.58070.04930.91480.1711-0.01910.8093-0.04390.323329.8786-123.57134.2636
130.67650.43210.35560.61710.53350.5130.10930.07420.0410.1363-0.0418-0.0405-0.0102-0.1301-0.06750.5270.03850.0960.39650.02650.0363-7.466327.9491158.6586
140.7963-0.6633-0.6980.68231.08562.7649-0.0679-0.1655-0.01140.05770.1342-0.05580.2306-0.1212-0.06631.0171-0.0863-0.01550.7851-0.01060.33187.1093-113.388317.5169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B394 - 672
2X-RAY DIFFRACTION2Y394 - 672
3X-RAY DIFFRACTION3B11 - 355
4X-RAY DIFFRACTION4Y11 - 355
5X-RAY DIFFRACTION5B713 - 1081
6X-RAY DIFFRACTION6Y713 - 1081
7X-RAY DIFFRACTION7C60 - 186
8X-RAY DIFFRACTION8Z60 - 186
9X-RAY DIFFRACTION9C319 - 442
10X-RAY DIFFRACTION10Z319 - 442
11X-RAY DIFFRACTION11A437 - 523
12X-RAY DIFFRACTION12X437 - 523
13X-RAY DIFFRACTION13A526 - 634
14X-RAY DIFFRACTION14X526 - 634

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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