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Yorodumi- PDB-4hc1: Crystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4hc1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2 complexed with Fab 10G3 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin superfamily / rolling and firm adhesion / integrin alpha4beta7 | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterotypic cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterotypic cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell adhesion / immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.871 Å | ||||||
Authors | Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J. | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHEDTitle: A Different Fold with an Integrin-Binding Loop Specialized for Flexibility in Mucosal Addressin Cell Adhesion Molecule-1 Authors: Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J. / Wang, J.-H. / Huang, P.-S. | ||||||
| History |
|
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4hc1.cif.gz | 682.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4hc1.ent.gz | 579.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4hc1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4hc1_validation.pdf.gz | 495.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4hc1_full_validation.pdf.gz | 512.4 KB | Display | |
| Data in XML | 4hc1_validation.xml.gz | 51.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 4hc1_validation.cif.gz | 65.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hc1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21699.795 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MADCAM1 / Cell line (production host): 293S / Organ (production host): kidney / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q13477#2: Antibody | Mass: 23688.395 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23570.037 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.75 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris pH 7.0, 10% (w/v) PEG monomethyl ether (PEGMME) 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2008 |
| Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator. Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.871→50 Å / Num. all: 35879 / Num. obs: 35879 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
| Reflection shell | Resolution: 2.9→2.97 Å / % possible all: 100 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.871→49.327 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.15 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.871→49.327 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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