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Yorodumi- PDB-4hc1: Crystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hc1 | ||||||
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Title | Crystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2 complexed with Fab 10G3 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin superfamily / rolling and firm adhesion / integrin alpha4beta7 | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of leukocyte migration / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of leukocyte migration / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell adhesion / immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.871 Å | ||||||
Authors | Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J. | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: A Different Fold with an Integrin-Binding Loop Specialized for Flexibility in Mucosal Addressin Cell Adhesion Molecule-1 Authors: Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J. / Wang, J.-H. / Huang, P.-S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hc1.cif.gz | 678.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hc1.ent.gz | 579.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hc1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hc1_validation.pdf.gz | 492.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4hc1_full_validation.pdf.gz | 504.7 KB | Display | |
Data in XML | 4hc1_validation.xml.gz | 43.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4hc1_validation.cif.gz | 60.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hc1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21699.795 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MADCAM1 / Cell line (production host): 293S / Organ (production host): kidney / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q13477 #2: Antibody | Mass: 23688.395 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) #3: Antibody | Mass: 23570.037 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) #4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris pH 7.0, 10% (w/v) PEG monomethyl ether (PEGMME) 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2008 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator. Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.871→50 Å / Num. all: 35879 / Num. obs: 35879 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.97 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.871→49.327 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.871→49.327 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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