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万見
- PDB-5hod: Structure of LHX4 transcription factor complexed with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hod
タイトルStructure of LHX4 transcription factor complexed with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*T)-3')
  • LIM/homeobox protein Lhx4
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription factor (転写因子) / Complex with DNA / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


medial motor column neuron differentiation / methyl-CpG binding / motor neuron axon guidance / placenta development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / animal organ morphogenesis / neuron differentiation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...medial motor column neuron differentiation / methyl-CpG binding / motor neuron axon guidance / placenta development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / animal organ morphogenesis / neuron differentiation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス ...LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / LIM/homeobox protein Lhx4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.682 Å
データ登録者Morgunova, E. / Yin, Y. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors.
著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / ...著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / Domcke, S. / Yan, J. / Schubeler, D. / Vinson, C. / Taipale, J.
履歴
登録2016年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM/homeobox protein Lhx4
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*T)-3')
D: LIM/homeobox protein Lhx4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5944
ポリマ－26,5944
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.768, 68.442, 200.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-215-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LIM/homeobox protein Lhx4 / LIM homeobox protein 4


分子量: 7164.329 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 156-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LHX4 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q969G2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6157.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*T)-3')


分子量: 6107.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000,Tris buffer, magnesium chloride, MPD / PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.682→50 Å / Num. obs: 8245 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.682→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 1.244 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 91.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BW5

1bw5


解像度: 2.682→50.116 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.52 / 位相誤差: 35.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 772 5.15 %Random
Rwork0.2332 ---
obs0.2347 8147 98.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.682→50.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数986 820 0 27 1833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8842749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.423805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.246306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6816-2.84960.42191150.35042292X-RAY DIFFRACTION95
2.8496-3.06960.39231390.33922372X-RAY DIFFRACTION99
3.0696-3.37840.36541180.29512397X-RAY DIFFRACTION100
3.3784-3.86710.3242910.25542420X-RAY DIFFRACTION99
3.8671-4.87150.26581600.22232362X-RAY DIFFRACTION100
4.8715-50.12470.19831490.18622385X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85370.30730.78822.3619-0.10910.9530.18090.42470.20580.3392-0.38590.3218-0.040.03620.58030.3367-0.0290.08260.5010.0450.641946.522415.81246.2295
21.0462-0.9598-0.60160.5812-0.46650.990.4542-1.1237-1.0640.69090.0149-1.06860.2471-0.46430.02551.1759-0.2922-0.55851.09970.23810.947958.73745.612327.604
31.11560.1034-0.88720.59920.34820.4058-0.3189-1.299-0.25690.4942-0.0792-0.2652-0.45990.6852-0.34731.0798-0.1711-0.42771.62180.18750.8658.58335.37727.0994
40.14070.069-0.03830.0717-0.1670.0939-0.26950.44890.2912-1.1070.14940.3017-0.5276-0.577-0.00011.769-0.09510.34172.2354-0.50312.265170.247618.594528.9851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 88 through 144 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 1 through 20 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resid 21 through 40 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and (resid 87 through 144 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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