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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gvq | |||||||||
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タイトル | Solution structure of the first RRM domain of human spliceosomal protein SF3b49 | |||||||||
要素 | Splicing factor 3B subunit 4 | |||||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RRM / SF3b49 / SF3b145 / U2 snRNP / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA Splicing - Major Pathway ...splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / 転写後修飾 / RNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. ...Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Sakamoto, T. / Wakamatsu, K. / Guntert, P. / Takahashi, S. / Yokoyama, S. / Muto, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017 タイトル: Solution structure of the first RNA recognition motif domain of human spliceosomal protein SF3b49 and its mode of interaction with a SF3b145 fragment. 著者: Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Sakamoto, T. / Wakamatsu, K. / ...著者: Kuwasako, K. / Nameki, N. / Tsuda, K. / Takahashi, M. / Sato, A. / Tochio, N. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Sakamoto, T. / Wakamatsu, K. / Guntert, P. / Takahashi, S. / Yokoyama, S. / Muto, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gvq.cif.gz | 611.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gvq.ent.gz | 531.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/5gvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/5gvq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11378.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B4, SAP49 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15427*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] human spliceosomal protein SF3b49, 90% H2O/10% D2O Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.8 mM / 構成要素: human spliceosomal protein SF3b49 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 100 mM / Label: condistions_1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |