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- PDB-5euq: Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5euq
タイトルCrystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta with a potent and selective inhibitor in complex with GDP loaded Rab11
要素
  • Phosphatidylinositol 4-kinase beta
  • Ras-related protein Rab-11A
キーワードTransferase/Signaling Protein / lipid kinase (キナーゼ) / GTPase complex (GTPアーゼ) / Transferase-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / rough endoplasmic reticulum membrane / melanosome transport / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of vesicle-mediated transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein localization to cilium / multivesicular body assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / dynein light intermediate chain binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / lysosome organization / positive regulation of epithelial cell migration / エキソサイトーシス / inner ear development / 分裂溝 / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / phagocytic vesicle / 小胞 / vesicle-mediated transport / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / receptor-mediated endocytosis / 中心小体 / エンドソーム / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / 14-3-3 protein binding / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein localization to plasma membrane / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / 紡錘体 / recycling endosome membrane / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / mitochondrial outer membrane / エンドソーム / リン酸化 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / small GTPase Rab1 family profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily ...: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / small GTPase Rab1 family profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5S8 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphatidylinositol 4-kinase beta / Ras-related protein Rab-11A / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Burke, J.E. / Fowler, M.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FRN 142393 カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Design and Structural Characterization of Potent and Selective Inhibitors of Phosphatidylinositol 4 Kinase III beta.
著者: Rutaganira, F.U. / Fowler, M.L. / McPhail, J.A. / Gelman, M.A. / Nguyen, K. / Xiong, A. / Dornan, G.L. / Tavshanjian, B. / Glenn, J.S. / Shokat, K.M. / Burke, J.E.
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ras-related protein Rab-11A
E: Phosphatidylinositol 4-kinase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5016
ポリマ－85,3762
非ポリマー1,1254
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area29220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.900, 103.490, 188.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 24691.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / プラスミド: pOPTG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase beta / PtdIns 4-kinase beta / NPIK / PI4K92


分子量: 60683.840 Da / 分子数: 1 / Mutation: S294A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KB / プラスミド: pOPTH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UBF8, UniProt: O02810, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-5S8 / ~{N}-[5-[3-[[(4-hydroxyphenyl)amino]-bis(oxidanyl)-$l^{4}-sulfanyl]-4-methoxy-phenyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl]cyclopentanecarboxamide


分子量: 489.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N3O5S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.34 Å / Num. obs: 16316 / % possible obs: 98.63 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 82.35 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.2-3.3140.70192.11199.44
9.05-48.93.60.03522.3196.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4D0L

4d0l


解像度: 3.2→47.34 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 856 5.26 %
Rwork0.233 --
obs0.2359 16274 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.4 Å2 / Biso mean: 97.8217 Å2 / Biso min: 48.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→47.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4970 0 96 0 5066
Biso mean--116.95 --
残基数----619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6136956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9811903
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.40070.36041440.32252516266099
3.4007-3.66310.31031410.28082544268599
3.6631-4.03160.27311360.24442542267899
4.0316-4.61450.26631560.21352544270099
4.6145-5.81220.25231280.22362592272098
5.8122-47.34530.2311510.21362680283197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0153-0.2390.00350.40910.17660.42130.07990.66910.24910.5681-0.2466-0.59370.4414-0.53240.00360.82250.02540.02651.532-0.19310.8989-230.4217211.626350.7576
20.1283-0.1678-0.01840.14010.0349-0.01860.14340.48290.32350.07830.35870.4038-0.8275-0.0547-0.00020.95210.176-0.14660.9703-0.05250.9124-231.4536220.2607361.0467
30.029-0.02450.04140.0039-0.03150.0159-0.17050.0428-0.23910.19510.2745-0.1386-0.2573-0.6754-0.00040.62120.0953-0.12491.4941-0.23860.7626-227.8914213.7059344.5441
4-0.05420.0083-0.00470.1064-0.08140.0036-0.04370.3720.09010.7694-0.23340.37620.6635-0.2831-01.0776-0.3234-0.19421.2506-0.14360.7867-235.1682204.2284354.9884
50.2652-0.3543-0.07480.24140.12220.0138-0.2439-0.23310.4124-0.0880.0081-0.18840.2437-0.8955-0.00080.8754-0.2721-0.09721.166-0.21860.634-233.8844197.4988356.869
60.0538-0.09150.06270.03340.0091-0.00320.1305-0.32910.76560.09220.4393-0.33130.3787-0.03170.00041.42070.2091-0.06540.9153-0.12330.8838-222.284206.2305371.1369
7-0.01130.0217-0.01640.00290.00130.02070.22140.01560.0824-0.40860.26190.11770.0049-0.23540.00011.88450.4064-0.34991.1319-0.39371.0535-222.0723193.1289360.7824
80.2451-0.051-0.06110.0204-0.07380.0912-0.00971.09790.07880.17040.10560.3994-0.08250.5491-0.00020.88730.14230.06491.626-0.00780.6264-221.3065207.1032359.8487
90.0911-0.0602-0.00690.00670.01240.01890.3370.6597-0.1689-0.5582-0.2562-0.72870.01480.5787-0.00030.98510.14910.02611.322-0.17850.7359-221.7994206.6344347.8768
100.22980.38690.0956-0.0626-0.13160.35920.095-0.2863-0.1872-0.2290.0832-0.08810.0316-0.1739-0.00010.8412-0.0968-0.05250.72070.01260.6554-226.2735218.9247381.878
110.44940.02950.05160.0239-0.75570.34410.0172-0.0755-0.2574-0.18170.0225-0.03030.1883-0.0162-0.00010.7348-0.1175-0.06020.50050.02680.7169-226.1561203.392404.0798
120.1366-0.0187-0.04510.35620.08560.53410.1164-0.220.0098-0.03750.08240.07210.02130.3724-00.46230.02830.00170.8560.1320.6973-211.0784206.789414.4359
13-0.09390.15330.15960.960.18010.7252-0.1055-0.1856-0.0635-0.1241-0.0147-0.0389-0.1443-0.0944-00.67220.029-0.0670.5898-0.04870.6229-225.3361231.7566408.6545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 7:32 )B7 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 33:46 )B33 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 47:66 )B47 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 67:95 )B67 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 96:124 )B96 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 125:135 )B125 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 136:146 )B136 - 146
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 147:160 )B147 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 161:173 )B161 - 173
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 128:185 )E128 - 185
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 186:347 )E186 - 347
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 348:540 )E348 - 540
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN E AND RESID 541:782 )E541 - 782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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