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万見
- PDB-5c4g: Crystal structure of an engineered construct of phosphatidylinosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c4g
タイトルCrystal structure of an engineered construct of phosphatidylinositol 4 kinase III beta with the inhibitor BQR695 in complex with GDP loaded Rab11
要素
  • Phosphatidylinositol 4-kinase beta
  • Ras-related protein Rab-11A
キーワードTransferase/Signaling Protein / Protein-protein complex / lipid kinase / GTPase complex / Transferase-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / exosomal secretion / rough endoplasmic reticulum membrane / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of cilium assembly / regulation of protein transport / presynaptic endosome / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / protein transmembrane transport / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / melanosome transport / phosphatidylinositol biosynthetic process / multivesicular body assembly / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to cilium / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / syntaxin binding / dynein light intermediate chain binding / lysosome organization / mitotic metaphase chromosome alignment / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / exocytosis / inner ear development / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / mitotic spindle assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / 14-3-3 protein binding / multivesicular body / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / receptor-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / synaptic vesicle membrane / G protein activity / cytoplasmic vesicle / vesicle / microtubule binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. ...: / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / : / Small GTPase Rab domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BQR / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Burke, J.E. / Fowler, M.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)NSERC-2014-05218 カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Using hydrogen deuterium exchange mass spectrometry to engineer optimized constructs for crystallization of protein complexes: Case study of PI4KIII beta with Rab11.
著者: Fowler, M.L. / McPhail, J.A. / Jenkins, M.L. / Masson, G.R. / Rutaganira, F.U. / Shokat, K.M. / Williams, R.L. / Burke, J.E.
履歴
登録2015年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ras-related protein Rab-11A
E: Phosphatidylinositol 4-kinase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3887
ポリマ－85,3762
非ポリマー1,0125
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area29790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.820, 105.400, 188.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BE

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 24691.818 Da / 分子数: 1 / 変異: Q70L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / プラスミド: pOPTG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase beta / PtdIns 4-kinase beta / NPIK / PI4K92


分子量: 60683.840 Da / 分子数: 1 / 変異: S294A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KB, PIK4CB / プラスミド: pOPTH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBF8, 1-phosphatidylinositol 4-kinase

-
非ポリマー , 4種, 5分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-BQR / N~2~-[7-(3,4-dimethoxyphenyl)quinoxalin-2-yl]-N-methylglycinamide


分子量: 352.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N4O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG-4000, sodium citrate, ammonium sulfate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→54.04 Å / Num. obs: 16111 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 89.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D0L

4d0l


解像度: 3.2→54.04 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 841 5.27 %
Rwork0.254 --
obs0.255 15969 95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 109.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→54.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4735 0 65 0 4800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4156980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9361912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.016783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.40050.39321310.38262340X-RAY DIFFRACTION90
3.4005-3.6630.34081360.32642357X-RAY DIFFRACTION91
3.663-4.03150.29321330.26652481X-RAY DIFFRACTION95
4.0315-4.61460.30091540.2422516X-RAY DIFFRACTION96
4.6146-5.81290.2421310.24042628X-RAY DIFFRACTION98
5.8129-54.05240.26971560.22212806X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07890.1218-0.10410.1995-0.20410.2205-0.3548-0.38180.3806-0.41940.78780.77670.60330.70140.00131.23660.0068-0.05581.6220.24040.89-14.88826.472723.93
20.281-0.5629-0.54191.12281.08341.04680.1453-0.83240.2555-0.08350.7961-0.10420.15020.69870.2930.98080.1215-0.23411.75020.26820.9111-12.16463.577629.6764
31.27160.24711.46610.04790.28521.6908-0.5582-0.34480.1268-0.2494-0.28170.3435-0.13250.1065-0.58751.93320.1801-0.29071.2620.42430.8642-15.6752-3.807214.5973
40.33510.70220.06511.47550.14010.01350.08510.4832-0.4951-0.14640.9535-1.47240.8870.30260.15451.24370.4356-0.1321.6920.48031.4589-8.9053-11.412516.6648
51.67540.21421.45980.7069-0.40641.78450.1993-0.69141.37370.26580.14990.46840.1648-0.0545-0.00881.13790.0854-0.21221.46580.31910.7564-15.6944-7.723125.4835
60.24060.25230.07610.25880.07870.0230.12960.01090.01380.16720.38070.31730.204-0.0347-01.4618-0.1158-0.12081.12220.29810.8593-23.2029-6.863410.1156
70.049-0.319-0.03653.6144-0.66030.51680.2786-0.69010.1703-1.0206-0.4394-0.39860.3526-0.83290.01030.864-0.0696-0.1291.51180.32190.8519-23.2133-0.97323.2653
80.24750.44240.02010.73390.02020.5844-0.06950.0870.07090.16920.11580.17840.10830.176800.92890.174-0.05570.71120.00420.6709-17.9286.3862-8.748
90.90520.53080.84450.96860.54510.7771-0.04420.2923-0.11140.18690.00350.1040.0156-0.00280.00730.3940.0146-0.02140.7489-0.2610.7086-28.3494-0.0294-39.865
100.3038-0.03820.14241.117-0.04270.0512-0.22250.1447-0.17730.08710.15690.0621-0.23220.18390.00010.763-0.0972-0.08830.51230.04360.6129-20.153625.4729-30.8991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'B' AND (RESID 7 THROUGH 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'B' AND (RESID 40 THROUGH 85 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 86 THROUGH 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 96 THROUGH 112 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 113 THROUGH 124 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 145 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 146 THROUGH 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'E' AND (RESID 128 THROUGH 307 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'E' AND (RESID 308 THROUGH 531 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'E' AND (RESID 532 THROUGH 782 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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