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万見
- PDB-5ddl: Crystal Structure of WT Human Glutathione Transferase Pi soaked w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ddl
タイトルCrystal Structure of WT Human Glutathione Transferase Pi soaked with a metalloid then back-soaked with glutathione
要素Glutathione S-transferase P
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Anti-cancer (悪性腫瘍) / Organometallic (有機金属化学)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide storage / S-nitrosoglutathione binding / kinase regulator activity / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process ...nitric oxide storage / S-nitrosoglutathione binding / kinase regulator activity / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / negative regulation of leukocyte proliferation / 薬物代謝 / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Paracetamol ADME / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / negative regulation of MAPK cascade / Detoxification of Reactive Oxygen Species / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / glutathione metabolic process / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of fibroblast proliferation / xenobiotic metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to reactive oxygen species / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / fatty acid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / secretory granule lumen / cellular response to lipopolysaccharide / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Di-glutathione-PhenylArsine / グルタチオン / Glutathione S-transferase P
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Parker, L.J. / Parker, M.W. / Morton, C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Visualisation of Organoarsenic Human Glutathione Transferase P1-1 Complexes: Metabolism of Arsenic-based Therapeutics
著者: Parker, L.J. / Parker, M.W. / Morton, C.J. / Bocedi, A. / Ascher, D.B. / Aitken, J.B. / Harris, H.H. / Lo Bello, M. / Ricci, G.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P
B: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,46611
ポリマ－46,7562
非ポリマー2,7119
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.665, 89.795, 68.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-534-

HOH

21A-557-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase P / GST class-pi / GSTP1-1


分子量: 23377.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTP1, FAEES3, GST3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09211, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ

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非ポリマー , 6種, 412分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-5AU / Di-glutathione-PhenylArsine


分子量: 764.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H37AsN6O12S2
#4: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100MM MES, PH 6.0, 28% (W/V) PEG 8000, 20MM CACL2, 10MM DTT. Soaked in 2mM PAO dissolved in DMSO, Then back soaked in 10mM GSH after 2 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→46.9 Å / Num. obs: 32553 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 27 / Num. measured all: 488857
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.98-2.0313.70.2867.43064822320.9780.07998.8
9.07-46.913.20.02764.1478436310.00899.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.98 Å44.9 Å
Translation4.96 Å44.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5GSS

5gss


解像度: 1.98→37.496 Å / FOM work R set: 0.9008 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 1628 5 %Random Selection
Rwork0.1381 30915 --
obs0.1401 32543 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.85 Å2 / Biso mean: 17.21 Å2 / Biso min: 3.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→37.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3270 0 221 403 3894
Biso mean--26.2 23.5 -
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3464744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9471363
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.03830.24231330.17082530266399
2.0383-2.10410.18591340.139925492683100
2.1041-2.17930.16681350.132625612696100
2.1793-2.26660.18121360.12725902726100
2.2666-2.36970.16691350.120325662701100
2.3697-2.49460.19441360.127725732709100
2.4946-2.65090.19441360.129825742710100
2.6509-2.85550.18841350.145525702705100
2.8555-3.14270.18471360.15225872723100
3.1427-3.59710.18251360.143525832719100
3.5971-4.53080.14891370.123526102747100
4.5308-37.50240.17051390.149426222761100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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