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- PDB-5d7n: Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d7n
タイトルCrystal structure of human Sirt3 at an improved resolution
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Sirtuin 3 (サーチュイン遺伝子) / Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / positive regulation of superoxide dismutase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NAD+ binding ...positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / positive regulation of superoxide dismutase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 細胞呼吸 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / transferase activity / sequence-specific DNA binding / ミトコンドリアマトリックス / enzyme binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / ロスマンフォールド ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Rumpf, T. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Jung, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationJu295/8-1 ドイツ
German Research FoundationSFB992 Medical Epigenetics, Project Z02 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Seeding for sirtuins: microseed matrix seeding to obtain crystals of human Sirt3 and Sirt2 suitable for soaking.
著者: Rumpf, T. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Jung, M.
履歴
登録2015年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
E: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
F: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,33723
ポリマ－187,6086
非ポリマー1,72817
水22,6451257
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6766
ポリマ－31,2681
非ポリマー4085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4403
ポリマ－31,2681
非ポリマー1722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4403
ポリマ－31,2681
非ポリマー1722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7705
ポリマ－31,2681
非ポリマー5024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4843
ポリマ－31,2681
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5283
ポリマ－31,2681
非ポリマー2602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.990, 143.850, 89.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3


分子量: 31268.049 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 118-395 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gly1 originates from TEV cleavage site His2/Met3 originate from NdeI restriction site of the vector
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 8種, 1274分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350 / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→33.66 Å / Num. obs: 168813 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.815

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GLS

3gls


解像度: 1.83→33.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.862 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20316 8479 5 %RANDOM
Rwork0.17494 ---
obs0.17635 160291 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→33.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12775 0 94 1257 14126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01913439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.99118337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8163.00230150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3851703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94922.879587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.105152172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.01315116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.22083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02115033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0631.5926588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0631.5926587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7912.3788245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7912.3798246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4541.8426851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4541.8426851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4272.66210052
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.36914.09815919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.20113.50115361
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 627 -
Rwork0.272 11866 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1627-0.13650.27320.5479-0.20350.4644-0.02460.0291-0.00350.04590.0387-0.006-0.03840.033-0.01410.0734-0.004-0.01240.10940.03660.018316.1594-0.53093.3116
20.25540.13380.18460.34740.05610.2399-0.0228-0.0040.0486-0.01720.0115-0.01540.04020.04330.01130.0438-0.0028-0.01580.10410.00210.07527.640939.5913-15.1259
30.1588-0.1309-0.1530.14730.02750.46750.0315-0.0131-0.0066-0.0156-0.02510.0156-0.04640.0316-0.00640.0665-0.0390.01180.0969-0.01070.05216.187568.0387-35.8475
40.96280.0204-0.20720.1857-0.02710.0491-0.02440.0758-0.02140.01870.0211-0.0152-0.0056-0.01930.00330.0627-0.0196-0.02620.0904-0.00420.054459.245449.6916-43.1295
50.8146-0.0412-0.03940.319-0.03530.0099-0.01880.1382-0.02410.03580.01770.00530.0010.01170.00120.0374-0.0037-0.0030.1746-0.0130.001910.9803-35.2375-9.7161
60.3398-0.1747-0.1590.11230.00620.85790.0206-0.0113-0.0416-0.02960.03380.03460.0595-0.0049-0.05440.0946-0.0018-0.03760.0485-0.00870.064375.295218.4263-32.5147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A121 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2B122 - 400
3X-RAY DIFFRACTION3C121 - 400
4X-RAY DIFFRACTION4D121 - 400
5X-RAY DIFFRACTION5E122 - 400
6X-RAY DIFFRACTION6F122 - 400

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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