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万見
- PDB-5d3x: Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3x
タイトルCrystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / pleckstrin homology domain / beta sandwich / phosphatidylinositol-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of signaling / regulation of dendrite development / neutrophil activation / regulation of actin filament polymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / superoxide metabolic process / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle ...regulation of signaling / regulation of dendrite development / neutrophil activation / regulation of actin filament polymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / superoxide metabolic process / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / T cell differentiation / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RAC1 GTPase cycle / neutrophil chemotaxis / actin filament polymerization / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / dendritic shaft / phospholipid binding / G alpha (12/13) signalling events / growth cone / positive regulation of cell migration / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases ...: / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Cash, J.N. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086865 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL122416 米国
American Cancer SocietyPF-14-224-01-DMC 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Catalytic Core of the Metastatic Factor P-Rex1 and Its Regulation by PtdIns(3,4,5)P3.
著者: Cash, J.N. / Davis, E.M. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5744
ポリマ－38,5742
非ポリマー1,0002
水3,999222
1
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7872
ポリマ－19,2871
非ポリマー5001
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7872
ポリマ－19,2871
非ポリマー5001
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.742, 72.179, 81.995
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1TYRTYRchain AAA-2 - 4061 - 165
2METMETchain BBB-2 - 4011 - 160

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein / PtdIns(3 / 4 / 5)-dependent Rac exchanger 1


分子量: 19286.953 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 245-408 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pleckstrin homology domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREX1, KIAA1415 / プラスミド: pMALc2H10T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TCU6
#2: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: HEPES, Jeffamine ED-2001 pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 36150 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.388 / Net I/av σ(I): 27.895 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 176205
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.69-1.724.80.39217720.8940.1920.4380.839100
1.72-1.754.90.34618060.8990.1670.3870.891100
1.75-1.784.80.29117960.9350.1410.3250.892100
1.78-1.824.90.25217860.9420.1220.2820.914100
1.82-1.864.90.21517970.9610.1040.240.992100
1.86-1.94.90.18618100.9710.090.2081.011100
1.9-1.954.90.15717880.9750.0760.1751.115100
1.95-24.90.13118070.9850.0630.1461.147100
2-2.064.90.11218060.990.0550.1251.15100
2.06-2.134.90.10318110.9890.0490.1141.341100
2.13-2.214.90.09617890.9890.0470.1071.498100
2.21-2.294.90.08818280.990.0430.0991.755100
2.29-2.44.90.08218110.9930.040.0921.608100
2.4-2.524.90.0718060.9940.0340.0791.48199.9
2.52-2.684.90.05918260.9960.0290.0661.34899.3
2.68-2.894.90.05718160.9960.0270.0641.50299.1
2.89-3.184.80.06318110.9960.030.072.27598.4
3.18-3.644.90.05118180.9960.0240.0572.34497.7
3.64-4.594.90.04218120.9970.020.0471.91196.5
4.59-504.80.03818540.9980.0190.0431.69192.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D3V

5d3v


解像度: 1.69→29.961 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 1807 5.01 %RANDOM
Rwork0.1756 34293 --
obs0.1775 36100 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.41 Å2 / Biso mean: 19.6916 Å2 / Biso min: 3.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→29.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2381 0 56 222 2659
Biso mean--36.91 27.29 -
残基数----292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4443510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.476979
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1116X-RAY DIFFRACTION8.32TORSIONAL
12B1116X-RAY DIFFRACTION8.32TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6892-1.73490.28521240.22152579270398
1.7349-1.78590.26571460.201626232769100
1.7859-1.84360.24481390.182126222761100
1.8436-1.90940.21681260.174626312757100
1.9094-1.98590.22611520.175926102762100
1.9859-2.07620.25511460.171226422788100
2.0762-2.18570.23121310.181126532784100
2.1857-2.32250.21541360.173926592795100
2.3225-2.50180.2381390.17826502789100
2.5018-2.75340.20121260.18172664279099
2.7534-3.15150.20031520.17842654280699
3.1515-3.9690.20921420.16112633277597
3.969-29.96550.17781480.17012673282194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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