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Yorodumi- PDB-5fi0: Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fi0 | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / dbl homology domain / pleckstrin homology domain / beta sandwich / small GTPase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of signaling / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / regulation of dendrite development / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process ...regulation of signaling / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / regulation of dendrite development / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / neutrophil activation / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / regulation of actin filament polymerization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / PCP/CE pathway / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / RHOB GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / NRAGE signals death through JNK / superoxide metabolic process / Rac protein signal transduction / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / T cell differentiation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / GTPase activator activity / cell-matrix adhesion / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / guanyl-nucleotide exchange factor activity / neutrophil chemotaxis / small monomeric GTPase / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / dendritic shaft / VEGFR2 mediated vascular permeability Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.282 Å | ||||||||||||
Authors | Cash, J.N. / Tesmer, J.J.G. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2016 Title: Structural and Biochemical Characterization of the Catalytic Core of the Metastatic Factor P-Rex1 and Its Regulation by PtdIns(3,4,5)P3. Authors: Cash, J.N. / Davis, E.M. / Tesmer, J.J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fi0.cif.gz | 846.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fi0.ent.gz | 712.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fi0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/5fi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/5fi0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5d27C 5d3vC 5d3wSC 5d3xC 5d3yC 5fi1C 2dfkS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 43066.605 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PREX1, KIAA1415 / Plasmid: pMALc2H10T / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8TCU6 #2: Protein | Mass: 21811.453 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAC1, TC25, MIG5 / Plasmid: pMALc2H10T / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P63000 #3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.127 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.127 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.25→35 Å / Num. obs: 42862 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 67.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.19 / Χ2: 1.484 / Net I/av σ(I): 10.778 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 247146 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2DFK and 5D3W Resolution: 3.282→34.847 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 215.27 Å2 / Biso mean: 81.2588 Å2 / Biso min: 22.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.282→34.847 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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