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- PDB-5fi0: Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fi0 | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 | ||||||||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Cash, J.N. / Tesmer, J.J.G. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Characterization of the Catalytic Core of the Metastatic Factor P-Rex1 and Its Regulation by PtdIns(3,4,5)P3. Authors: Cash, J.N. / Davis, E.M. / Tesmer, J.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 841.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 726.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 370.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 395.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 67.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5d27C ![]() 5d3vC ![]() 5d3wSC ![]() 5d3xC ![]() 5d3yC ![]() 5fi1C ![]() 2dfkS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 43066.605 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 21811.453 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-PO4 / ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.7 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.25→35 Å / Num. obs: 42862 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 67.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.19 / Χ2: 1.484 / Net I/av σ(I): 10.778 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 247146 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2DFK and 5D3W Resolution: 3.282→34.847 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 215.27 Å2 / Biso mean: 81.2588 Å2 / Biso min: 22.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.282→34.847 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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