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- PDB-5fi0: Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fi0 | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 | ||||||||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / dbl homology domain / pleckstrin homology domain / beta sandwich / small GTPase | ||||||||||||
Function / homology | ![]() embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / positive regulation of ovarian follicle development / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation ...embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / positive regulation of ovarian follicle development / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of dendrite development / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / interneuron migration / kinocilium / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / engulfment of apoptotic cell / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cochlea morphogenesis / regulation of neuron maturation / regulation of actin filament polymerization / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / cortical cytoskeleton organization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / neutrophil activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / GTP-dependent protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / ruffle organization / epithelial cell morphogenesis / cell projection assembly / positive regulation of bicellular tight junction assembly / thioesterase binding / regulation of lamellipodium assembly / regulation of stress fiber assembly / regulation of neuron migration / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / cell-cell junction organization / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / motor neuron axon guidance / regulation of nitric oxide biosynthetic process / PCP/CE pathway / Activation of RAC1 / RHO GTPases activate KTN1 / MET activates RAP1 and RAC1 / positive regulation of neutrophil chemotaxis / negative regulation of TOR signaling / DCC mediated attractive signaling / Azathioprine ADME / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / hyperosmotic response / positive regulation of cell-substrate adhesion / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of ruffle assembly / superoxide anion generation / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / lamellipodium assembly / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOB GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / superoxide metabolic process / dendrite morphogenesis / regulation of cell size / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of actin filament polymerization / Rac protein signal transduction / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / pericentriolar material / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / T cell differentiation / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of postsynapse assembly / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / protein serine/threonine kinase inhibitor activity Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Cash, J.N. / Tesmer, J.J.G. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Characterization of the Catalytic Core of the Metastatic Factor P-Rex1 and Its Regulation by PtdIns(3,4,5)P3. Authors: Cash, J.N. / Davis, E.M. / Tesmer, J.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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Data in XML | ![]() | 70.7 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5d27C ![]() 5d3vC ![]() 5d3wSC ![]() 5d3xC ![]() 5d3yC ![]() 5fi1C ![]() 2dfkS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 43066.605 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 21811.453 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.127 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.25→35 Å / Num. obs: 42862 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 67.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.19 / Χ2: 1.484 / Net I/av σ(I): 10.778 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 247146 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2DFK and 5D3W Resolution: 3.282→34.847 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 215.27 Å2 / Biso mean: 81.2588 Å2 / Biso min: 22.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.282→34.847 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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