+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6n74 | ||||||
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Title | Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R271E | ||||||
Components | ATP synthase SpaL/MxiB | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATPase | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Shigella flexneri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.852 Å | ||||||
Authors | Morales, Y. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2019 Title: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation. Authors: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6n74.cif.gz | 281.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6n74.ent.gz | 228.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6n74.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6n74_validation.pdf.gz | 446.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6n74_full_validation.pdf.gz | 450.9 KB | Display | |
Data in XML | 6n74_validation.xml.gz | 28.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6n74_validation.cif.gz | 42.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n74 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6n6lC 6n6mC 6n6zC 6n70C 6n71C 6n72C 6n73C 6n75C 6n76C 5swjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39096.379 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: delta 1-79, R271E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri (bacteria) / Gene: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / Plasmid: pTYB21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Tuner(DE3) References: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.87 % / Mosaicity: 0.609 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation / pH: 8.5 Details: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 5, 2018 Details: Rh coated flat bent mirror , toroidal focusing post monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) and Si(220) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 57246 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 32.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.557 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 394559 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: 5SWJ Resolution: 1.852→42.726 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.13
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.72 Å2 / Biso mean: 43.8183 Å2 / Biso min: 19.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.852→42.726 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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