PDB-6n6l: Crystal Structure of ATPase delta 1-79 Spa47 R189A R191A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n6l

タイトル

Crystal Structure of ATPase delta 1-79 Spa47 R189A R191A mutant

要素

ATP synthase SpaL/MxiB

キーワード

TRANSLOCASE / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Morales, Y. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation.
著者: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n6l.cif.gz	289.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n6l.ent.gz	235 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n6l_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n6l_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	6n6l_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	6n6l_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/6n6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/6n6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n6mC 6n6zC 6n70C 6n71C 6n72C 6n73C 6n74C 6n75C 6n76C 5swjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5syp-1 6n6m-1 6rae-d 5swj-2 4nph-d 5ybi-2 6n70-1 6yv8-2 6n73-2 1g57-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ATP synthase SpaL/MxiB

B: ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP synthase SpaL/MxiB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.528, 152.916, 54.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP synthase SpaL/MxiB 分子量: 38952.227 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, R189A, R191A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.16 % / Mosaicity: 0.768 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月14日
詳細: Rh coated flat bent collimating mirror , toroidal focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.195 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 35105 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.236 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 236601

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.23	6.9	1.374	3248	0.455	0.555	1.485	1.101	84.3
2.23-2.32	6.8	1.083	3217	0.625	0.441	1.172	1.183	83.3
2.32-2.42	6.8	0.796	3231	0.755	0.321	0.86	1.086	83.6
2.42-2.55	6.7	0.616	3252	0.831	0.249	0.666	1.086	84.7
2.55-2.71	6.5	0.409	3411	0.953	0.166	0.443	1.123	88.1
2.71-2.92	6.3	0.261	3561	0.963	0.106	0.282	1.105	92.1
2.92-3.21	6.3	0.15	3690	0.987	0.062	0.163	1.169	95.2
3.21-3.68	6.4	0.088	3736	0.995	0.037	0.096	1.298	97.2
3.68-4.63	6.9	0.055	3846	0.998	0.023	0.06	1.502	98.9
4.63-50	7.6	0.044	3913	0.999	0.017	0.047	1.536	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SWJ

5swj

解像度: 2.15→35.845 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2271	1762	5.03 %
R_work	0.1861	-	-
obs	0.1881	35055	89.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.11 Å² / B_iso mean: 47.6778 Å² / B_iso min: 17.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→35.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5414	0	0	226	5640
B_iso mean	-	-	-	45.41	-
残基数	-	-	-	-	696

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.15-2.1865	0.2992	111	0.2712	2091	73
2.1865-2.2508	0.327	135	0.267	2392	85
2.2508-2.3235	0.3022	122	0.2618	2366	83
2.3235-2.4065	0.3076	124	0.2472	2371	83
2.4065-2.5028	0.2583	130	0.2361	2440	85
2.5028-2.6167	0.2593	126	0.2272	2461	87
2.6167-2.7546	0.2705	131	0.2167	2548	90
2.7546-2.9271	0.2709	140	0.2181	2615	93
2.9271-3.153	0.2396	148	0.2064	2706	95
3.153-3.4701	0.2111	149	0.1803	2771	97
3.4701-3.9716	0.2069	144	0.159	2784	98
3.9716-5.0017	0.1684	147	0.1422	2866	100
5.0017-35.845	0.2153	155	0.1625	2882	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5416	-0.4298	0.1906	1.9372	-0.4018	2.0697	0.07	-0.0925	-0.054	0.0305	-0.0171	0.0443	0.0402	0.0275	-0.0747	0.2316	-0.0214	-0.0387	0.2303	0.0268	0.2557	20.2264	17.8907	-15.0614
2	1.98	0.0148	0.2141	3.2551	0.7647	2.7419	-0.0575	-0.1067	0.2571	0.0388	0.1111	-0.1942	-0.2995	0.25	-0.0231	0.2272	-0.0102	-0.048	0.2557	0.0525	0.2456	29.2014	23.8623	-9.9382
3	3.0123	-1.4402	0.4439	1.603	-0.6877	1.937	-0.0129	-0.0118	0.4685	0.0477	-0.0661	-0.0799	-0.4726	-0.1537	0.106	0.3506	0.0084	-0.0356	0.2363	0.0124	0.3124	9.7472	33.9531	-28.3242
4	6.9568	0.1532	2.0381	1.7346	-2.0053	6.7922	0.0082	0.6257	0.6605	-0.6113	-0.219	-0.1513	0.1128	0.2725	0.1761	0.4556	0.0507	0.0835	0.3395	0.1288	0.3981	21.309	3.9323	-51.9566
5	4.3242	1.1824	-0.1509	2.5932	0.0135	1.6024	0.0227	-0.0442	-0.2079	0.2925	-0.0553	-0.0328	0.1282	-0.0433	0.0111	0.4069	-0.0403	0.0622	0.201	0.0389	0.2316	16.1881	-7.7423	-32.5816
6	5.2593	-2.697	-1.4218	1.8358	1.1872	5.5711	-0.3197	0.5575	-0.7731	-0.261	-0.2885	1.354	0.5271	-0.7583	0.5679	0.4288	-0.1589	-0.0133	0.344	-0.0239	0.5231	10.6307	-6.0327	-47.1263
7	2.8966	-2.3736	-0.9424	7.256	0.822	4.0247	0.1933	0.286	-0.2338	-0.5251	-0.2292	0.0149	0.3656	-0.0887	0.0337	0.2878	-0.0486	0.0555	0.2741	0.0365	0.2112	21.7889	-7.8972	-46.4946
8	3.3451	-4.1984	-4.3893	5.8771	4.812	6.579	-0.593	-0.0164	-0.51	1.0314	0.4264	-0.8277	1.5127	0.3234	0.2209	0.6527	0.0484	0.0014	0.4627	0.0443	0.7319	36.2331	-18.9851	-41.9566
9	4.4587	2.0289	0.9742	6.1291	1.1395	5.2757	-0.0872	-0.1098	-1.2852	-0.1806	0.1537	-0.3284	0.8029	-0.0015	-0.0355	0.3953	-0.0182	0.1187	0.2897	0.0602	0.5547	21.1582	-15.5689	-35.2696
10	5.4566	0.9297	0.5659	2.1368	-1.1704	4.4003	0.232	-0.0968	-0.8356	0.4323	-0.026	0.1207	0.7157	-0.3585	-0.1864	0.5284	-0.1012	0.1288	0.2969	0.0354	0.4728	9.8854	-17.1169	-28.3519
11	8.5651	7.4116	5.0316	6.8703	5.3488	4.8675	0.4486	-0.2928	-0.6063	0.6246	-0.3559	-0.7424	0.4251	-0.0018	-0.0544	0.6416	-0.0292	0.1818	0.4206	0.0874	0.397	3.4394	-19.6321	-17.0896
12	8.0155	2.2541	-4.3451	0.7102	-1.691	6.9349	0.2553	-0.0984	-0.1822	0.2461	0.0864	0.3571	0.6339	-0.2621	-0.4289	0.5632	-0.2128	0.0612	0.4056	-0.04	0.4711	-7.2973	-25.8676	-17.5042
13	4.7524	3.0264	-1.2165	7.7937	-5.0807	7.026	-0.02	-0.3589	-0.3496	0.6056	-0.0744	0.315	-0.3813	-0.6512	0.1161	0.3506	-0.0035	0.1663	0.3364	0.0286	0.4733	-1.6402	-6.9096	-25.1277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 202 )	A	83 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 287 )	A	203 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 288 through 430 )	A	288 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 83 through 118 )	B	83 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 119 through 174 )	B	119 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 175 through 202 )	B	175 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 203 through 264 )	B	203 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 265 through 287 )	B	265 - 287
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 288 through 322 )	B	288 - 322
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 323 through 357 )	B	323 - 357
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 358 through 382 )	B	358 - 382
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 383 through 408 )	B	383 - 408
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 409 through 430 )	B	409 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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