PDB-6n72: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 E267R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n72

タイトル

Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 E267R

要素

ATP synthase SpaL/MxiB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.735 Å

データ登録者

Morales, Y. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation.
著者: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n72.cif.gz	273.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n72.ent.gz	221.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n72_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n72_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
XML形式データ	6n72_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	6n72_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n6lC 6n6mC 6n6zC 6n70C 6n71C 6n73C 6n74C 6n75C 6n76C 5swjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n74-1 6n73-1 6n6m-2 6n76-2 6n6z-2 6n71-1 6n6z-1 6n71-2 6n76-1 5swl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ATP synthase SpaL/MxiB

B: ATP synthase SpaL/MxiB

78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP synthase SpaL/MxiB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP synthase SpaL/MxiB

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.965, 153.823, 54.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP synthase SpaL/MxiB 分子量: 39152.539 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, E267R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ATP synthase SpaL/MxiB

分子量: 39152.539 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, E267R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.71 % / Mosaicity: 1.262 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.072 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
詳細: Rh coated flat bent mirror , toroidal focusing post monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.072 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 17714 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.248 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.268 / Χ²: 0.744 / Net I/σ(I): 2.6 / Num. measured all: 121252

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.85	6.9	1.225	1708	0.648	0.501	1.326	0.487	99.2
2.85-2.96	6.9	0.934	1807	0.759	0.382	1.011	0.505	99
2.96-3.1	6.7	0.718	1741	0.838	0.298	0.779	0.539	97.8
3.1-3.26	6.4	0.511	1734	0.888	0.216	0.557	0.613	96.5
3.26-3.46	7.2	0.382	1797	0.934	0.153	0.412	0.681	99.7
3.46-3.73	7.1	0.273	1778	0.966	0.109	0.294	0.768	99.4
3.73-4.11	7	0.207	1795	0.978	0.084	0.224	0.834	99.4
4.11-4.7	6.4	0.144	1753	0.984	0.061	0.157	0.921	97.7
4.7-5.92	7.2	0.141	1799	0.988	0.057	0.152	0.794	99.6
5.92-50	6.8	0.109	1802	0.993	0.044	0.118	1.279	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SWJ

5swj

解像度: 2.735→41.339 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2461	879	4.97 %
R_work	0.1929	16807	-
obs	0.1956	17686	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.92 Å² / B_iso mean: 45.3917 Å² / B_iso min: 12.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.735→41.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5248	0	0	64	5312
B_iso mean	-	-	-	31.38	-
残基数	-	-	-	-	671

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7351-2.9065	0.324	142	0.2725	2707	2849	95
2.9065-3.1308	0.2994	149	0.2507	2770	2919	98
3.1308-3.4457	0.2743	141	0.2213	2814	2955	99
3.4457-3.944	0.2516	152	0.1887	2847	2999	99
3.944-4.9677	0.2199	148	0.1551	2820	2968	98
4.9677-41.3439	0.2012	147	0.1662	2849	2996	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6552	-0.5068	-0.7399	1.0087	-0.2019	1.5348	0.2114	-0.3289	-0.2676	0.5088	-0.168	-0.2845	0.0792	0.1962	-0.0163	0.3092	0.0083	-0.0578	0.3089	0.1175	0.2684	25.1002	8.4102	-6.2315
2	1.6669	-0.3965	0.2192	1.0638	-0.1767	0.0296	0.0867	-0.1658	-0.1204	0.1058	-0.0492	-0.084	-0.0971	0.0251	-0.0369	0.303	-0.0311	0.023	0.3246	0.0297	0.2072	19.5821	23.41	-23.1447
3	2.5898	-0.1603	-0.3739	1.2526	-1.4712	1.8726	-0.0144	-0.389	0.2682	0.3009	0.0418	0.3641	-0.4132	-0.1607	0.0037	0.3185	-0.0474	0.0465	0.2893	-0.0015	0.3048	15.9593	18.5637	-7.2094
4	1.9356	-0.1067	-0.2512	2.0295	0.2434	2.1125	-0.0083	-0.1245	0.2255	0.3047	-0.0527	-0.0891	-0.1929	0.1564	0.0072	0.2545	-0.0367	-0.0368	0.2668	0.0391	0.2927	29.0896	23.3188	-13.7345
5	0.5459	0.5338	-0.7091	0.8315	0.0476	2.6916	0.2461	-0.0672	1.026	-0.0396	0.0175	0.5556	-1.4175	-0.0532	-0.0262	0.6757	-0.0627	-0.0302	0.5754	0.1017	0.8493	23.1501	40.4249	-16.6446
6	1.9263	-1.2722	0.4202	2.5419	-0.1145	0.0879	-0.0665	0.0859	0.1995	0.1439	-0.0466	0.034	-0.1057	-0.0495	0.1006	0.2753	0.0106	0.0198	0.2726	0.0245	0.2869	5.4979	35.1387	-31.3209
7	3.3936	0.5888	0.4008	1.3757	0.0419	1.6842	0.0664	0.1357	0.1935	-0.3129	0.1682	0.1799	-0.3447	-0.1984	-0.0917	0.3648	0.0349	0.0526	0.3265	0.0944	0.2138	21.4961	3.9218	-51.8085
8	1.2602	0.7031	1.0911	0.8008	0.3571	1.0851	0.1432	-0.0534	-0.0871	0.0984	-0.1513	-0.1368	-0.1582	0.2133	-0.0896	0.2693	0.0192	-0.0564	0.235	0.0488	0.3021	24.7663	-2.5525	-30.3369
9	1.5858	0.1357	-0.7331	1.8582	-1.3189	1.1856	-0.1033	0.269	-0.0787	-0.2904	-0.0897	0.1959	0.2543	-0.1556	0.0473	0.3117	-0.0163	-0.0449	0.3118	-0.0331	0.2778	10.363	-9.1696	-40.4507
10	1.2168	-0.3505	-0.301	2.0998	-0.1584	2.3039	-0.0672	0.2977	-0.3	-0.6322	-0.0221	0.172	0.1222	0.2371	0.0608	0.2863	0.0188	0.0102	0.2903	-0.0154	0.2073	21.8558	-7.957	-46.3737
11	2.3854	0.3627	-0.2002	2.1716	0.0011	3.0872	-0.1602	0.0623	-0.6961	0.1168	-0.0246	-0.1588	0.5021	0.4385	0.1223	0.3113	0.1052	0.0262	0.2982	0.0543	0.4007	23.136	-15.3265	-35.9763
12	2.3594	1.2759	-0.7373	1.4278	-0.7699	0.7102	-0.0283	-0.0828	-0.3259	0.0456	-0.0398	-0.1078	0.1047	-0.0815	0.0364	0.23	0.0127	-0.0266	0.2851	0.0342	0.3094	2.3861	-20.8809	-21.8144
13	2.9716	0.3084	0.8513	3.4126	0.3346	2.8614	-0.1469	-0.1965	-0.1996	0.0991	0.0274	0.3744	0.0964	-0.1256	-0.0347	0.2584	-0.0075	0.0257	0.2815	0.0524	0.321	-1.7315	-6.9741	-25.1234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 118 )	A	83 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 175 )	A	119 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 219 )	A	176 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 220 through 305 )	A	220 - 305
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 306 through 322 )	A	306 - 322
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 323 through 430 )	A	323 - 430
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 83 through 118 )	B	83 - 118
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 119 through 140 )	B	119 - 140
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 141 through 202 )	B	141 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 203 through 264 )	B	203 - 264
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 265 through 322 )	B	265 - 322
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 323 through 408 )	B	323 - 408
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 409 through 430 )	B	409 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)