+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5swl | ||||||
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Title | Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 E188A | ||||||
Components | Probable ATP synthase SpaL/MxiB | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ATPase | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Shigella flexneri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Morales, Y. / Johnson, S.J. / Burgess, J.L. / Burgess, R.A. / Dickenson, N.E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2016 Title: Structural and Biochemical Characterization of Spa47 Provides Mechanistic Insight into Type III Secretion System ATPase Activation and Shigella Virulence Regulation. Authors: Burgess, J.L. / Burgess, R.A. / Morales, Y. / Bouvang, J.M. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5swl.cif.gz | 277.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5swl.ent.gz | 226 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5swl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/5swl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/5swl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5swjSC 5sypC 5syrC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39066.422 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 80-430 / Mutation: E188A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: delta 1-79, E188A / Source: (gene. exp.) Shigella flexneri (bacteria) / Strain: 2457T / Gene: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / Plasmid: pTYB21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Tuner(DE3) References: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL14-1 / Wavelength: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 18877 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 41.97 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/av σ(I): 9.64 / Net I/σ(I): 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5SWJ Resolution: 2.7→35.561 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.12
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 125.85 Å2 / Biso mean: 48.9843 Å2 / Biso min: 15.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→35.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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