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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zvf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GGDEF domain of the E. coli DosC - form II (GTP-alpha-S-bound) | ||||||
要素 | Diguanylate cyclase DosC | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / oxygen sensing / diguanylate cyclase / cyclic-di-GMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / carbon monoxide binding / response to oxygen levels / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / heme binding / GTP binding / protein homodimerization activity ...negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / carbon monoxide binding / response to oxygen levels / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / heme binding / GTP binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Tarnawski, M. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Structural analysis of an oxygen-regulated diguanylate cyclase. 著者: Tarnawski, M. / Barends, T.R. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zvf.cif.gz | 93.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zvf.ent.gz | 69.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zvf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zvf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19900.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 297-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dosC, yddV, b1490, JW5241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA89, diguanylate cyclase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GAV / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1M imidazole pH 8.0, 0.2M calcium acetate, 22% (w/v) PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97627 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97627 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 48048 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.07 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 72.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZVE 解像度: 1.15→35.806 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→35.806 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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