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万見
- PDB-4ztu: Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ztu
タイトルStructural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase
要素
  • (DNA polymerase subunit gamma- ...DNAポリメラーゼ) x 2
  • DNA (25-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
キーワードDNA Binding Protein/DNA / mitochondria (ミトコンドリア) / DNA polymerase holoenzyme (DNAポリメラーゼ) / DNA Binding Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / DNA polymerase binding / base-excision repair, gap-filling / 3'-5' exonuclease activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / protease binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / ミトコンドリアマトリックス / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / DNA binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / DNA polymerase family A / Anticodon-binding / Anticodon binding domain ...DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / DNA polymerase family A / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase subunit gamma-1 / DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.299 Å
データ登録者Szymanski, M.R. / Kuznestov, V.B. / Shumate, C.K. / Meng, Q. / Lee, Y.-S. / Patel, G. / Patel, S.S. / Yin, Y.W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase
著者: Szymanski, M.R. / Kuznestov, V.B. / Shumate, C.K. / Meng, Q. / Lee, Y.-S. / Patel, G. / Patel, S.S. / Yin, Y.W.
履歴
登録2015年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / ndb_struct_na_base_pair ...entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _ndb_struct_na_base_pair.buckle ..._entity.pdbx_ec / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase subunit gamma-1
B: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
C: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
T: DNA (25-MER)
P: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,5058
ポリマ－261,0055
非ポリマー5003
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17040 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area84650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.575, 217.575, 168.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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DNA polymerase subunit gamma- ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-1 / DNAポリメラーゼ / Mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit / PolG-alpha


分子量: 138037.703 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-1239 / 変異: D198A, E200A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG, MDP1, POLG1, POLGA
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P54098, DNAポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial / DNAポリメラーゼ / DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55 / Mitochondrial DNA polymerase accessory ...DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55 / Mitochondrial DNA polymerase accessory subunit / MtPolB / PolG-beta


分子量: 53655.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG2, MTPOLB
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9UHN1

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 8235.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 7421.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.76 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8000, KCl, CaCl2 / PH範囲: 6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979,1.00
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
211
反射解像度: 3.299→48.6 Å / Num. obs: 61142 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.299→42.67 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3164 1991 3.3 %
Rwork0.3164 --
obs-60405 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.299→42.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13627 963 29 0 14619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80920629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8845653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2991-3.38160.47981380.43424028X-RAY DIFFRACTION97
3.3816-3.4730.48691420.40024159X-RAY DIFFRACTION100
3.473-3.57510.41941420.37374166X-RAY DIFFRACTION100
3.5751-3.69040.36391410.34044143X-RAY DIFFRACTION100
3.6904-3.82230.41371400.33914164X-RAY DIFFRACTION100
3.8223-3.97520.36051390.31024136X-RAY DIFFRACTION100
3.9752-4.1560.32091430.2934145X-RAY DIFFRACTION99
4.156-4.37490.34551400.29364152X-RAY DIFFRACTION99
4.3749-4.64870.32591440.27534160X-RAY DIFFRACTION99
4.6487-5.00710.36661420.25964180X-RAY DIFFRACTION99
5.0071-5.510.32881430.27074199X-RAY DIFFRACTION99
5.51-6.30510.31271450.28654250X-RAY DIFFRACTION100
6.3051-7.93550.32251470.27454311X-RAY DIFFRACTION100
7.9355-42.67350.24591450.22344221X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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