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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z1v | |||||||||
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タイトル | Structure of Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with Fe, NO, and NOG | |||||||||
要素 | Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Hypoxia Inducible Factor (低酸素誘導因子) / Factor Inhibiting HIF / Hydroxylase (ヒドロキシル化) / Oxygen Sensing | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Taabazuing, C.Y. / Garman, S.C. / Knapp, M.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Substrate Promotes Productive Gas Binding in the alpha-Ketoglutarate-Dependent Oxygenase FIH. 著者: Taabazuing, C.Y. / Fermann, J. / Garman, S. / Knapp, M.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z1v.cif.gz | 161.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z1v.ent.gz | 125.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z1v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40610.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): Plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む |
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-非ポリマー , 6種, 108分子
#2: 化合物 | ChemComp-OGA / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-NO / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-FE / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes, 1.6mM ammonium sulfate, 3% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月29日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→74.74 Å / Num. obs: 33489 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 503994 / Scaling rejects: 353 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3D8C 解像度: 2.1→74.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 11.477 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.5 Å2 / Biso mean: 56.428 Å2 / Biso min: 29.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→74.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.6884 Å / Origin y: 21.6157 Å / Origin z: -9.1673 Å
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