[日本語] English
万見
- PDB-4yon: P-Rex1:Rac1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yon
タイトルP-Rex1:Rac1 complex
要素
  • Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of signaling / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / regulation of dendrite development / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process ...regulation of signaling / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / regulation of dendrite development / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / 好中球 / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / regulation of actin filament polymerization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / NRAGE signals death through JNK / superoxide metabolic process / Rac protein signal transduction / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / T cell differentiation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / GTPase activator activity / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / 好中球 / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / dendritic shaft / VEGFR2 mediated vascular permeability
類似検索 - 分子機能
Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. ...Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / Rab subfamily of small GTPases / PDZ superfamily / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lucato, C.M. / Whisstock, J.C. / Ellisdon, A.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Phosphatidylinositol (3,4,5)-Trisphosphate-dependent Rac Exchanger 1Ras-related C3 Botulinum Toxin Substrate 1 (P-Rex1Rac1) Complex Reveals the Basis of Rac1 Activation in Breast Cancer Cells.
著者: Lucato, C.M. / Halls, M.L. / Ooms, L.M. / Liu, H.J. / Mitchell, C.A. / Whisstock, J.C. / Ellisdon, A.M.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references / Other
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support ...diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5382
ポリマ－65,5382
非ポリマー00
水14,052780
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.510, 111.250, 158.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein / PtdIns(3 / 4 / 5)-dependent Rac exchanger 1


分子量: 45641.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-404 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREX1, KIAA1415
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TCU6
#2: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 19896.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-177 / Mutation: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 sodium MES, pH 6.5, 0.2M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40.56 Å / Num. obs: 60929 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rpim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.217 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rpim(I) all: 0.404 / Rsym value: 1.397 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2DFK, 3SBD

2dfk

3sbd


解像度: 1.95→40.56 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 3030 4.98 %
Rwork0.1623 --
obs0.1633 60883 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4197 0 0 780 4977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7945783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1961617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.98050.28541410.25042611X-RAY DIFFRACTION100
1.9805-2.01290.26411290.22152598X-RAY DIFFRACTION100
2.0129-2.04760.24461410.20252595X-RAY DIFFRACTION100
2.0476-2.08490.20961420.19062604X-RAY DIFFRACTION100
2.0849-2.1250.20661450.192569X-RAY DIFFRACTION100
2.125-2.16840.22521260.18152623X-RAY DIFFRACTION100
2.1684-2.21550.19331380.17742624X-RAY DIFFRACTION100
2.2155-2.2670.17921300.17042604X-RAY DIFFRACTION100
2.267-2.32370.18151360.16292600X-RAY DIFFRACTION100
2.3237-2.38650.20181280.16522629X-RAY DIFFRACTION100
2.3865-2.45680.1961400.16722601X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.5360.20981250.16092634X-RAY DIFFRACTION100
2.536-2.62670.17221420.16342615X-RAY DIFFRACTION100
2.6267-2.73180.20051320.15732619X-RAY DIFFRACTION100
2.7318-2.85610.19471480.17242607X-RAY DIFFRACTION100
2.8561-3.00660.21271160.16632671X-RAY DIFFRACTION100
3.0066-3.1950.16981320.15832627X-RAY DIFFRACTION100
3.195-3.44150.16751530.14942627X-RAY DIFFRACTION100
3.4415-3.78760.1631400.14282661X-RAY DIFFRACTION100
3.7876-4.33520.1451300.13722683X-RAY DIFFRACTION100
4.3352-5.45970.16181640.13412655X-RAY DIFFRACTION100
5.4597-40.57030.15771520.16382796X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.72973.5987-5.56063.9989-5.63118.5253-0.2757-0.4459-0.4003-0.35990.10250.24010.57450.01910.1510.1903-0.0408-0.02180.32060.02530.2245-0.407428.467587.4978
21.16311.2916-1.53593.3064-3.71475.15290.0907-0.06170.13280.0041-0.01580.0625-0.1588-0.0144-0.10410.11430.0171-0.0070.0697-0.02330.13123.827749.269162.1868
32.533-1.5869-0.92556.5242-0.99673.99720.06260.79170.6781-0.5239-0.09560.0831-0.6549-0.08130.02760.3385-0.0178-0.02920.26740.12660.299810.434759.048839.0092
41.29490.6306-0.98941.3771-0.52791.89630.02820.03820.1092-0.07830.05410.0607-0.0843-0.067-0.07860.11910.0262-0.02980.0851-0.0020.12394.528546.757654.2945
52.11190.5018-1.28621.3385-0.95872.10580.0352-0.13990.00560.0768-0.0967-0.0828-0.09280.07550.13050.12990.0016-0.01940.1004-0.01950.09977.180740.371363.9806
61.835-0.12080.5640.677-0.1161.96410.03130.1882-0.1403-0.0553-0.02640.01660.208-0.13110.17980.13140.0013-0.01260.0543-0.01350.13814.625429.961353.8353
75.43520.3031-2.33464.356-1.28982.72320.2705-0.39150.47480.2050.03920.1302-0.86940.1239-0.23390.23640.0167-0.00020.1531-0.06610.158417.435435.229429.9293
82.6117-1.1276-0.39351.6590.54992.21940.06070.0486-0.0158-0.02130.0021-0.0014-0.1834-0.0584-0.0650.09180.00680.00410.0790.00140.094123.671527.298422.0541
94.90482.69972.05087.11521.77564.61970.0857-0.06530.37910.04630.1208-0.5758-0.710.3932-0.09020.2139-0.0190.0310.1152-0.03860.240225.586835.73719.7997
103.0642-2.33441.08452.39660.86837.74180.03290.2964-0.53180.1344-0.12490.14940.6424-0.72070.16650.1433-0.03720.0140.1448-0.01360.224618.824516.656919.2612
113.71191.0237-0.53241.4415-0.54482.4921-0.16980.0502-0.2669-0.10030.1061-0.1110.17370.16380.05570.15080.01690.01850.1371-0.00290.151633.48117.817214.137
126.74584.0811-2.00996.7404-1.38794.86650.2082-0.5345-0.05350.3519-0.16880.36350.0924-0.0919-0.08120.19190.05250.02470.14240.04540.147724.750414.445628.9172
135.13980.8128-0.53344.43650.85131.5785-0.05550.13090.7069-0.08150.0874-0.6211-0.94270.431-0.10430.3339-0.09650.00840.18810.06550.3528.399949.676859.4057
143.7789-1.86292.23427.16195.3948.32570.102-0.2738-0.17880.3537-0.2850.0930.6339-0.00280.13530.1022-0.0045-0.01320.16620.04530.114420.655832.123265.8703
158.199815.30542.69041.61834.0005-0.2475-0.24260.03240.56980.1126-0.17850.626-0.07690.1330.16230.01140.00240.17640.02470.13419.537738.083870.0666
165.53810.672-0.72284.1926-1.11986.4181-0.027-0.46510.10380.37510.12470.1656-0.4643-0.2726-0.11690.17440.0405-0.00190.1463-0.0120.156516.418844.727972.9156
170.5315-1.4485-1.29644.80451.33158.8073-0.3697-0.41992.17610.5795-0.2838-0.6128-1.07391.00640.57870.4624-0.162-0.12210.4846-0.08390.706332.383454.170768.3857
181.59841.4841-0.55061.59590.75737.6309-0.28240.34451.18070.06120.3403-0.7182-1.09210.9799-0.04180.3268-0.0871-0.07820.28150.0460.6329.980452.960464.4226
194.3311.41131.88671.22641.42892.1950.11570.171-0.03090.015-0.1259-0.1130.03990.11950.01210.11690.03460.00130.12350.03930.119119.202636.977955.5312
201.4341-0.05550.53881.0972-0.77373.68410.05490.1359-0.0852-0.0999-0.0627-0.08550.11090.33440.03530.10280.04910.00840.17740.00270.14528.049730.491763.1644
214.9134-4.215-1.73787.9662-2.86116.6449-0.0782-0.4640.31180.3888-0.1333-0.1076-0.25260.13660.22440.2867-0.0204-0.030.35410.0560.193523.500924.22285.0068
223.70322.7433-0.59625.95232.53335.97420.0172-0.3781-0.66850.1851-0.30250.15420.9405-0.23780.13240.36790.0282-0.02320.25360.11760.278923.050116.543978.7458
232.2804-0.5788-0.96681.4174-0.75513.11990.12260.255-0.0087-0.1109-0.1258-0.32830.13410.50550.03330.1420.1140.00010.29770.0220.212936.92128.131666.8267
243.02570.179-1.47821.9676-1.15413.94220.0264-0.14620.27580.1139-0.0506-0.0539-0.24030.44450.04650.1059-0.027-0.04210.20080.01750.15431.393741.063472.3603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 34:47 )A34 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 48:79 )A48 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 80:99 )A80 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 100:180 )A100 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 181:220 )A181 - 220
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 221:245 )A221 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 246:258 )A246 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 259:301 )A259 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 302:330 )A302 - 330
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 331:337 )A331 - 337
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 338:377 )A338 - 377
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 378:399 )A378 - 399
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 1:7 )B1 - 7
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 8:15 )B8 - 15
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 16:19 )B16 - 19
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 20:41 )B20 - 41
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 42:47 )B42 - 47
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 48:55 )B48 - 55
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 56:77 )B56 - 77
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 78:120 )B78 - 120
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 121:125 )B121 - 125
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN B AND RESID 126:136 )B126 - 136
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN B AND RESID 137:153 )B137 - 153
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN B AND RESID 154:176 )B154 - 176

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る