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- PDB-4m7w: Crystal structure of purine nucleoside phosphorylase from Leptotr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7w
タイトルCrystal structure of purine nucleoside phosphorylase from Leptotrichia buccalis C-1013-b, NYSGRC Target 029767.
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / purine nucleoside phosphorylase / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptotrichia buccalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of purine nucleoside phosphorylase from Leptotrichia buccalis C-1013-b, NYSGRC Target 029767.
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6296
ポリマ－85,3443
非ポリマー2853
水6,251347
1
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,25712
ポリマ－170,6886
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area21020 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area46190 Å2
手法PISA
2
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,25712
ポリマ－170,6886
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z1
Buried area19990 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area47890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.877, 164.877, 45.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-588-

HOH

21B-608-

HOH

31C-510-

HOH

41C-526-

HOH

51C-570-

HOH

詳細hexameric

-
要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 28447.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis (バクテリア)
株: C-1013-b / 遺伝子: deoD, Lebu_0989 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: C7N9Q9, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate:acetic acid, pH 4.5, 0.8 M NaH2PO4/1.2M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月9日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 55825 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.105 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.9313.20.36626931.188199.6
1.93-1.9712.927961.28199.1
1.97-2.0113.20.55427451.166199.5
2.01-2.0513.20.45227571.142199.2
2.05-2.0913.30.37227751.132199.8
2.09-2.1413.50.31427791.141199.6
2.14-2.1913.50.29227691.152199.9
2.19-2.2511.50.2827801.307199.6
2.25-2.3211.50.29227761.288199.7
2.32-2.3913.90.18427940.938199.9
2.39-2.4814.30.1727721.0641100
2.48-2.5814.30.15327971.072199.9
2.58-2.714.40.13827810.982199.9
2.7-2.8414.70.12928121.0931100
2.84-3.02150.13327921.0641100
3.02-3.2515.20.13328250.9871100
3.25-3.5815.50.12828011.0441100
3.58-4.0916.10.128311.163199.9
4.09-5.1617.50.06628351.0621100
5.16-5017.30.07529151.012199.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2611 / WRfactor Rwork: 0.2141 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8133 / SU B: 7.061 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.0364 / SU Rfree: 0.0331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 2817 5.1 %RANDOM
Rwork0.2014 ---
obs0.2035 55501 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 213.25 Å2 / Biso mean: 34.6665 Å2 / Biso min: 18.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.78 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.78 Å2-0 Å2
3---11.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5379 0 15 347 5741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9697479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8475711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.89225.043230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.56315871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9121521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5773.9122829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63652.6533533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8644.5652673
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.6 201 -
Rwork0.546 3725 -
all-3926 -
obs--97.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10090.4042-0.19270.9558-0.16380.43450.0599-0.04060.00070.0285-0.0238-0.0602-0.0250.1215-0.03610.0555-0.01050.01640.0916-0.02870.018129.035497.627519.0161
21.38820.2650.24790.63180.08840.4102-0.03830.11640.1387-0.04660.0579-0.0274-0.09660.0516-0.01960.0766-0.01980.02770.04720.00490.029913.7227120.446517.2008
31.7327-0.2256-0.39440.81030.11520.44280.02470.12490.0421-0.0034-0.04420.04150.0859-0.19730.01950.0757-0.04530.00360.1221-0.00160.008256.9667128.8723-0.838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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