PDB-4okv: Crystal structure of anopheline anti-platelet protein with Fab an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4okv

タイトル

Crystal structure of anopheline anti-platelet protein with Fab antibody

要素

Anti-platelet aggregation protein
heavy chain of 8H7 mAb
light chain of 8H7 mAb

キーワード

BLOOD CLOTTING / malaria vector mosquito / collagen binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

IgE binding / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles stephensi (ハマダラカ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Park, S.Y. / Sugiyama, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of anopheles anti-platelet protein, a powerful anti-coagulant, in complex with an antibody
著者: Sugiyama, K. / Iyori, M. / Sawaguchi, A. / Akashi, S. / Tame, J.R.H. / Yoshida, S. / Park, S.Y.

履歴

登録	2014年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4okv.cif.gz	213.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4okv.ent.gz	170.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4okv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/4okv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/4okv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3fax-d 1d5m-d 1m5f-d 3dga-2 1d6e-d 3ik6-d 4yon-d 3ilt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: heavy chain of 8H7 mAb

B: light chain of 8H7 mAb

C: heavy chain of 8H7 mAb

D: light chain of 8H7 mAb

E: Anti-platelet aggregation protein

F: Anti-platelet aggregation protein

109 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: heavy chain of 8H7 mAb

B: light chain of 8H7 mAb

F: Anti-platelet aggregation protein

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: heavy chain of 8H7 mAb

D: light chain of 8H7 mAb

E: Anti-platelet aggregation protein

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.810, 99.426, 166.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	heavy chain of 8H7 mAb 分子量: 23085.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma cells / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	light chain of 8H7 mAb 分子量: 24015.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma cells / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質	Anti-platelet aggregation protein / GE rich salivary gland protein 分子量: 7584.399 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 201-266 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles stephensi (ハマダラカ) 遺伝子: ansg-1, aapp / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7YT37
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.25 % / Mosaicity: 0.281 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 15% PEG 20000, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 135319 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 17.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.499 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	2	0.433	5713	0.705	80.8
1.83-1.86	2.2	0.436	6011	0.721	84.9
1.86-1.9	2.4	0.425	6228	0.758	87.9
1.9-1.94	2.6	0.409	6387	0.81	90.1
1.94-1.98	2.7	0.392	6532	0.87	92
1.98-2.03	2.9	0.368	6631	0.902	93.3
2.03-2.08	3.1	0.345	6685	0.967	94.3
2.08-2.13	3.3	0.32	6763	1.018	95.1
2.13-2.2	3.4	0.288	6784	1.029	95.4
2.2-2.27	3.6	0.26	6804	1.056	95.9
2.27-2.35	3.8	0.234	6905	1.087	96.5
2.35-2.44	3.9	0.212	6897	1.102	96.7
2.44-2.55	4.1	0.18	6940	1.164	97.3
2.55-2.69	4.4	0.155	6974	1.247	97.3
2.69-2.86	4.7	0.124	7014	1.379	98
2.86-3.08	5	0.1	7073	1.692	98.3
3.08-3.39	5.3	0.084	7109	2.142	98.7
3.39-3.88	5.6	0.066	7197	2.594	99.2
3.88-4.88	5.6	0.048	7240	2.292	98.8
4.88-50	5.8	0.038	7432	1.869	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.802→47.624 Å / FOM work R set: 0.8172 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2498	6799	5.03 %
R_work	0.2183	-	-
obs	0.2198	135285	94.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 21.356 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.5 Å² / B_iso mean: 25.16 Å² / B_iso min: 9.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1285 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6614 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.7899 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→47.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7653	0	0	698	8351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7835
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.134	10635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1204
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.345	2845

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8024-1.8228	0.3994	189	0.4066	3387	3576	76
1.8228-1.8443	0.3772	180	0.3809	3741	3921	82
1.8443-1.8668	0.3958	218	0.3691	3794	4012	85
1.8668-1.8904	0.3714	219	0.3656	3894	4113	88
1.8904-1.9153	0.3796	212	0.3479	4053	4265	89
1.9153-1.9415	0.3586	222	0.3252	4047	4269	90
1.9415-1.9693	0.3161	200	0.3165	4090	4290	91
1.9693-1.9987	0.353	210	0.308	4200	4410	93
1.9987-2.0299	0.3311	212	0.296	4244	4456	94
2.0299-2.0632	0.3172	229	0.2801	4230	4459	94
2.0632-2.0987	0.3038	217	0.2625	4274	4491	95
2.0987-2.1369	0.2926	220	0.2477	4309	4529	95
2.1369-2.178	0.2784	244	0.2463	4303	4547	96
2.178-2.2225	0.3016	209	0.2361	4314	4523	96
2.2225-2.2708	0.2618	234	0.2225	4331	4565	96
2.2708-2.3236	0.2697	237	0.217	4329	4566	96
2.3236-2.3817	0.2751	257	0.2289	4356	4613	97
2.3817-2.4461	0.2694	250	0.2233	4373	4623	97
2.4461-2.5181	0.2816	250	0.2186	4366	4616	97
2.5181-2.5994	0.2581	240	0.2128	4411	4651	98
2.5994-2.6923	0.2485	229	0.2064	4455	4684	97
2.6923-2.8	0.2543	221	0.2095	4432	4653	98
2.8-2.9275	0.2473	226	0.199	4499	4725	98
2.9275-3.0818	0.2094	229	0.1912	4488	4717	98
3.0818-3.2748	0.2124	233	0.1882	4494	4727	99
3.2748-3.5276	0.2092	241	0.1867	4551	4792	99
3.5276-3.8824	0.204	225	0.174	4582	4807	99
3.8824-4.4439	0.1995	244	0.1637	4576	4820	99
4.4439-5.5974	0.172	254	0.153	4611	4865	99
5.5974-47.6407	0.1833	248	0.1786	4752	5000	98

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