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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y6l | ||||||
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タイトル | Human SIRT2 in complex with myristoylated peptide (H3K9myr) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/PEPTIDE / sirtuin (サーチュイン遺伝子) / SIRT (スルト (リビア)) / NAD-dependent deacetylase / myristoylated lysine / HYDROLASE-PEPTIDE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / : / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / : / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / mitotic nuclear membrane reassembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / Schmidt-Lanterman incisure / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / chromatin silencing complex / regulation of phosphorylation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / juxtaparanode region of axon / positive regulation of oocyte maturation / protein lysine deacetylase activity / 紡錘体 / response to redox state / histone deacetylase activity / regulation of myelination / histone acetyltransferase binding / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / glial cell projection / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of cell division / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA binding / ヘテロクロマチン / Chromatin modifying enzymes / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / telomere organization / 中心小体 / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / negative regulation of autophagy / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / meiotic cell cycle / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / ubiquitin binding / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / negative regulation of protein catabolic process / 紡錘体 / spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / オートファジー / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / histone deacetylase binding / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 髄鞘 / cellular response to oxidative stress / 染色体 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kudo, N. / Ito, A. / Yoshida, M. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Kinetic and Structural Basis for Acyl-Group Selectivity and NAD(+) Dependence in Sirtuin-Catalyzed Deacylation. 著者: Feldman, J.L. / Dittenhafer-Reed, K.E. / Kudo, N. / Thelen, J.N. / Ito, A. / Yoshida, M. / Denu, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y6l.cif.gz | 138.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y6l.ent.gz | 105.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y6l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/4y6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/4y6l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33201.223 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 52-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 931.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 79168 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.023 / Net I/σ(I): 38.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1J8F, 3ZGO 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 1.626 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.193 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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