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- PDB-4xpq: Crystal structure of Pedobacter saltans GH31 alpha-galactosidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xpq
タイトルCrystal structure of Pedobacter saltans GH31 alpha-galactosidase complexed with L-fucose
要素Alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / TIM-barrel (TIMバレル) / GH31
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-fucopyranose / Alpha-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter saltans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Miyazaki, T. / Ishizaki, Y. / Ichikawa, M. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical characterization of novel bacterial alpha-galactosidases belonging to glycoside hydrolase family 31
著者: Miyazaki, T. / Ishizaki, Y. / Ichikawa, M. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2015年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,35310
ポリマ－81,4281
非ポリマー9259
水10,359575
1
A: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子

A: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,70620
ポリマ－162,8562
非ポリマー1,85018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area10440 Å2
ΔGint51 kcal/mol
Surface area44630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.004, 112.004, 114.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1242-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha-glucosidase /


分子量: 81427.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pedobacter saltans (バクテリア) / 株: NBRC 100064 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F7R6D6*PLUS, alpha-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON GENBANK BAR72452.1. N-TERMINAL RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMA REPRESENT ...THE SEQUENCE IS BASED ON GENBANK BAR72452.1. N-TERMINAL RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMA REPRESENT EXPRESSION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG MME 2000, 100 mM Tris-HCl, soaked with 500 mM L-fucose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 62800 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XPO

4xpo


解像度: 1.85→40.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.158 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16829 3171 5.1 %RANDOM
Rwork0.14061 ---
obs0.14203 59373 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.741 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→40.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5368 0 61 575 6004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.025613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9637603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.874312019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3135675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80623.514259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24115911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1331532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2621.8752687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2621.8742685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9842.8043355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9842.8043356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7042.0632926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7042.0632926
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7862.9914245
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.0716.1126993
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.73115.6136749
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 234 -
Rwork0.176 4325 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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