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- PDB-4ayg: Lactobacillus reuteri N-terminally truncated glucansucrase GTF180... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ayg
タイトルLactobacillus reuteri N-terminally truncated glucansucrase GTF180 in orthorhombic apo-form
要素GLUCANSUCRASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 70 / CIRCULARLY PERMUTED BETA-ALPHA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


dextransucrase activity / dextransucrase / glucan biosynthetic process / glucosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucansucrase / Glycoside hydrolase, family 70, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 70 / Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Choline-binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. ...Glucansucrase / Glycoside hydrolase, family 70, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 70 / Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Choline-binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Ribbon / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / dextransucrase
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOBACILLUS REUTERI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pijning, T. / Vujicic-Zagar, A. / Kralj, S. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2014
タイトル: Flexibility of Truncated and Full-Length Glucansucrase Gtf180 Enzymes from Lactobacillus Reuteri 180.
著者: Pijning, T. / Vujicic-Zagar, A. / Kralj, S. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2012年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCANSUCRASE
B: GLUCANSUCRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,53595
ポリマ－233,4712
非ポリマー8,06493
水39,4172188
1
A: GLUCANSUCRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,41255
ポリマ－116,7361
非ポリマー4,67654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLUCANSUCRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,12340
ポリマ－116,7361
非ポリマー3,38739
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.792, 147.363, 244.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GLUCANSUCRASE


分子量: 116735.633 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINALLY TRUNCATED GTF180, RESIDUES 742-1772 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LACTOBACILLUS REUTERI (バクテリア)
株: 180 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q5SBN3, dextransucrase

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非ポリマー , 6種, 2281分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONFLICT F1674L MAY BE DUE TO PCR ERROR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 2.2 M (NH4)2SO4, 5% (V/V) 2-PROPANOL, 25 MM HAC/NAAC PH 5.0, 50 MM NACL, 1 MM CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.1053
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1053 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 201509 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 69.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKLデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KLK

3klk


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.752 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18306 10644 5 %RANDOM
Rwork0.15482 ---
obs0.15625 201509 93.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.891 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16272 0 497 2188 18957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0217126
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.95323206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.00852076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23725.499891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.295152685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3861570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 515 -
Rwork0.206 10129 -
obs--65.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7251-0.1263-0.12740.9561-0.15140.50850.0301-0.00380.01010.0126-0.02060.1039-0.0736-0.0208-0.00950.03010.0159-0.00020.0110.00010.047422.93220.812-11.6
20.1835-0.12980.00780.3198-0.07360.17090.01050.0203-0.02090.0002-0.01830.02790.0028-0.0040.00780.0026-0.00280.00040.0109-0.00230.034139.341-11.842-8.177
31.27820.6073-0.29720.6404-0.26360.57820.0331-0.0844-0.12690.0156-0.0412-0.06560.0038-0.00090.0080.0026-0.0011-0.00460.01720.02820.057739.221-53.38915.627
40.5134-0.40530.02820.9022-0.27651.3295-0.0282-0.13580.04360.15520.0618-0.0271-0.1410.0115-0.03360.0426-0.0150.00650.0681-0.0210.021544.082-28.46732.616
51.32630.02460.45320.60040.14360.98050.00770.05930.0732-0.0688-0.01490.102-0.017-0.03770.00720.0353-0.0079-0.02170.01080.00610.043550.18626.8275.106
60.3792-0.10340.28270.1716-0.02850.68340.0212-0.0416-0.06180.01890.02030.00490.09530.0815-0.04150.04440.00590.0010.03820.0120.024275.30818.23430.519
70.92930.0988-0.11410.3806-0.14831.26840.03510.1019-0.0325-0.0255-0.01540.00420.09960.0069-0.01970.06220.0378-0.01390.062-0.01210.00482.51812.75977.414
80.6793-0.17770.01490.68960.10251.18790.0102-0.00360.08450.024-0.0544-0.0551-0.1375-0.13170.04420.08370.02370.01380.06140.02290.031775.15240.67868.72
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1239 - 1375
2X-RAY DIFFRACTION2A926 - 1240
3X-RAY DIFFRACTION2A1376 - 1602
4X-RAY DIFFRACTION3A793 - 927
5X-RAY DIFFRACTION3A1603 - 1636
6X-RAY DIFFRACTION4A742 - 788
7X-RAY DIFFRACTION4A1635 - 1770
8X-RAY DIFFRACTION5B1239 - 1375
9X-RAY DIFFRACTION6B926 - 1240
10X-RAY DIFFRACTION6B1376 - 1602
11X-RAY DIFFRACTION7B792 - 927
12X-RAY DIFFRACTION7B1603 - 1636
13X-RAY DIFFRACTION8B742 - 791
14X-RAY DIFFRACTION8B1635 - 1771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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