[日本語] English
万見
- PDB-6j27: Crystal structure of the branched-chain polyamine synthase from T... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j27
タイトルCrystal structure of the branched-chain polyamine synthase from Thermus thermophilus (Tth-BpsA) in complex with N4-aminopropylspermidine and 5'-methylthioadenosine
要素N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
キーワードTRANSFERASE / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / SPERMIDINE / BRANCHED POLYAMINES
機能・相同性
機能・相同性情報


N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase / polyamine biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / : / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / N,N-bis(3-aminopropyl)butane-1,4-diamine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Mizohata, E. / Toyoda, M. / Fujita, J. / Inoue, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJPR17GB 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: The C-terminal flexible region of branched-chain polyamine synthase facilitates substrate specificity and catalysis.
著者: Hidese, R. / Toyoda, M. / Yoshino, K.I. / Fukuda, W. / Wihardja, G.A. / Kimura, S. / Fujita, J. / Niitsu, M. / Oshima, T. / Imanaka, T. / Mizohata, E. / Fujiwara, S.
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
B: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
C: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
D: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,09326
ポリマ－166,5774
非ポリマー3,51622
水12,394688
1
A: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
B: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,17514
ポリマ－83,2892
非ポリマー1,88612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
2
C: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
D: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,91812
ポリマ－83,2892
非ポリマー1,63010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.570, 158.606, 71.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A


分子量: 41644.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: bpsA, TT_C0171 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3)
参照: UniProt: Q72L89, N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase

-
非ポリマー , 6種, 710分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#4: 化合物
ChemComp-N4P / N,N-bis(3-aminopropyl)butane-1,4-diamine / N4-aminopropylspermidine / ビス(3-アミノプロピル)(4-アミノブチル)アミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Reservoir: 0.04 M sodium chloride , 0.04 M Tris pH 8.0, 27%(v/v) PEG 350MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 156847 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.66→1.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q3M

2q3m


解像度: 1.66→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.75 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20618 7822 5 %RANDOM
Rwork0.16724 ---
obs0.16918 148976 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å2-0.44 Å2
2--3.28 Å2-0 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.66→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10885 0 231 688 11804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01911575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.921.98515738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0993.00125705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.78251417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3222.248565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.133151832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.42515149
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02113011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1652.4955554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1652.4955553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9423.7336952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9423.7336953
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4222.9586021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4212.9586021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2194.2598768
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.45524.38749085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.43624.30748659
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.664→1.707 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 526 -
Rwork0.276 10047 -
obs--89.78 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る