PDB-4x42: Crystal structure of DEN4 ED3 mutant with epitope two residues su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x42

タイトル

Crystal structure of DEN4 ED3 mutant with epitope two residues substituted from DEN3 ED3

要素

Envelope protein E

封筒

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Sero-specificity / Epitope graft mutants / ELISA

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity /

フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : /

カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase /

double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization ...
類似検索 - 分子機能

Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / : / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / : / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M /

RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain /

DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily /

Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain /

RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dengue virus type 4 (デング熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Kulkarni, M.R. / Islam, M.M. / Numoto, N. / Elahi, M.M. / Ito, N. / Kuroda, Y.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Structural and biophysical analysis of sero-specific immune responses using epitope grafted Dengue ED3 mutants.
著者: Kulkarni, M.R. / Islam, M.M. / Numoto, N. / Elahi, M. / Mahib, M.R. / Ito, N. / Kuroda, Y.

履歴

登録	2014年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x42.cif.gz	124.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x42.ent.gz	96.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3we1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ufq-2 5ufq-3 4hug-2 3we1-d 3eap-3 1mjl-d 4buh-2 2zdo-1 5b1c-2 3p9y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (43) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Envelope protein E

B: Envelope protein E

C: Envelope protein E

D: Envelope protein E

E: Envelope protein E

F: Envelope protein E

ヘテロ分子

69.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope protein E

B: Envelope protein E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Envelope protein E

D: Envelope protein E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Envelope protein E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Envelope protein E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.585, 124.585, 86.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ARG	ARG	A	A	577 - 672	5 - 100
2	1	SER	SER	ARG	ARG	B	B	577 - 672	5 - 100
1	2	SER	SER	GLY	GLY	A	A	577 - 674	5 - 102
2	2	SER	SER	GLY	GLY	D	D	577 - 674	5 - 102
1	3	SER	SER	ARG	ARG	A	A	577 - 672	5 - 100
2	3	SER	SER	ARG	ARG	C	C	577 - 672	5 - 100
1	4	TYR	TYR	ARG	ARG	A	A	578 - 672	6 - 100
2	4	TYR	TYR	ARG	ARG	E	E	578 - 672	6 - 100
1	5	SER	SER	ARG	ARG	A	A	577 - 672	5 - 100
2	5	SER	SER	ARG	ARG	F	F	577 - 672	5 - 100
1	6	SER	SER	ARG	ARG	B	B	574 - 672	2 - 100
2	6	SER	SER	ARG	ARG	D	D	574 - 672	2 - 100
1	7	SER	SER	ARG	ARG	B	B	577 - 672	5 - 100
2	7	SER	SER	ARG	ARG	C	C	577 - 672	5 - 100
1	8	TYR	TYR	ARG	ARG	B	B	578 - 672	6 - 100
2	8	TYR	TYR	ARG	ARG	E	E	578 - 672	6 - 100
1	9	SER	SER	LYS	LYS	B	B	574 - 673	2 - 101
2	9	SER	SER	LYS	LYS	F	F	574 - 673	2 - 101
1	10	SER	SER	ARG	ARG	D	D	577 - 672	5 - 100
2	10	SER	SER	ARG	ARG	C	C	577 - 672	5 - 100
1	11	TYR	TYR	ARG	ARG	D	D	578 - 672	6 - 100
2	11	TYR	TYR	ARG	ARG	E	E	578 - 672	6 - 100
1	12	SER	SER	ARG	ARG	D	D	574 - 672	2 - 100
2	12	SER	SER	ARG	ARG	F	F	574 - 672	2 - 100
1	13	TYR	TYR	ARG	ARG	C	C	578 - 672	6 - 100
2	13	TYR	TYR	ARG	ARG	E	E	578 - 672	6 - 100
1	14	SER	SER	ARG	ARG	C	C	577 - 672	5 - 100
2	14	SER	SER	ARG	ARG	F	F	577 - 672	5 - 100
1	15	TYR	TYR	ARG	ARG	E	E	578 - 672	6 - 100
2	15	TYR	TYR	ARG	ARG	F	F	578 - 672	6 - 100

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Envelope protein E / 封筒分子量: 11524.199 Da / 分子数: 6 / 断片: domain III (ED3), UNP residues 575-679 / 変異: N663D, S664K, T667K, H669N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus type 4 (デング熱ウイルス) 株: Dominica/814669/1981 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3 pLysS) / 参照: UniProt: P09866
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 3350, Ammonium sulphate, Tris-HCL, Dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 19294 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 37.8
反射シェル	解像度: 2.78→2.83 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
Coot		モデル構築
HKL-2000		data processing
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WE1

3we1

解像度: 2.78→40.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 17.514 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 8.166 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27277	938	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23392	-	-	-
obs	0.23584	18330	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0.1 Å²	-0 Å²
2-	-	0.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.78→40.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4544	0	20	11	4575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.512	1.975	6273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.538	3.002	10506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.239	5	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.215	25.172	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.312	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.886	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5314	0.12
1	2	B	5314	0.12
2	1	A	5473	0.11
2	2	D	5473	0.11
3	1	A	5267	0.12
3	2	C	5267	0.12
4	1	A	5320	0.11
4	2	E	5320	0.11
5	1	A	5347	0.14
5	2	F	5347	0.14
6	1	B	5426	0.1
6	2	D	5426	0.1
7	1	B	5342	0.1
7	2	C	5342	0.1
8	1	B	5320	0.1
8	2	E	5320	0.1
9	1	B	5417	0.12
9	2	F	5417	0.12
10	1	D	5239	0.12
10	2	C	5239	0.12
11	1	D	5306	0.1
11	2	E	5306	0.1
12	1	D	5369	0.13
12	2	F	5369	0.13
13	1	C	5146	0.12
13	2	E	5146	0.12
14	1	C	5146	0.14
14	2	F	5146	0.14
15	1	E	5346	0.1
15	2	F	5346	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.778→2.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	70	-
R_work	0.34	1318	-
obs	-	-	97.75 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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