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- PDB-4wbo: Bovine G Protein Coupled Receptor Kinase 1 in Complex with Amlexanox -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wbo
タイトルBovine G Protein Coupled Receptor Kinase 1 in Complex with Amlexanox
要素Rhodopsin kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / G-Protein-Coupled Receptor Kinase 1 / Amlexanox / Phosphorylation / Protein Conformation / Protein Kinase Inhibitors / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of signal transduction / visual perception / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation / signal transduction / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily ...Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ANW / Rhodopsin kinase GRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Homan, K.T. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818, HL086865 米国
American Heart AssociationN014938 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P60DK020572 米国
引用ジャーナル: Molecules / : 2014
タイトル: Identification and characterization of amlexanox as a g protein-coupled receptor kinase 5 inhibitor.
著者: Homan, K.T. / Wu, E. / Cannavo, A. / Koch, W.J. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin kinase
B: Rhodopsin kinase
C: Rhodopsin kinase
D: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,19812
ポリマ-244,8634
非ポリマー1,3358
97354
1
A: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5493
ポリマ-61,2161
非ポリマー3342
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5493
ポリマ-61,2161
非ポリマー3342
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5493
ポリマ-61,2161
非ポリマー3342
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5493
ポリマ-61,2161
非ポリマー3342
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.112, 119.166, 174.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARGAA30 - 53230 - 532
21SERSERARGARGBB30 - 53230 - 532
12ARGARGTRPTRPAA31 - 53131 - 531
22ARGARGTRPTRPCC31 - 53131 - 531
13SERSERTRPTRPAA30 - 53130 - 531
23SERSERTRPTRPDD30 - 53130 - 531
14ARGARGTRPTRPBB31 - 53131 - 531
24ARGARGTRPTRPCC31 - 53131 - 531
15SERSERTRPTRPBB30 - 53130 - 531
25SERSERTRPTRPDD30 - 53130 - 531
16ARGARGTRPTRPCC31 - 53131 - 531
26ARGARGTRPTRPDD31 - 53131 - 531

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Rhodopsin kinase / RK / G protein-coupled receptor kinase 1


分子量: 61215.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / プラスミド: PFastBac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28327, rhodopsin kinase
#2: 化合物
ChemComp-ANW / 2-amino-7-(1-methylethyl)-5-oxo-5H-chromeno[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid / アンレキサノクス


分子量: 298.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C16H14N2O4 / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 / 詳細: 500 mM NaCl, 100 mM MES pH 6.25, and 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→25 Å / Num. obs: 60016 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.82→2.87 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.81→24.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 33.617 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26726 3023 5 %RANDOM
Rwork0.24149 ---
obs0.24277 56928 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.81→24.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15786 0 92 54 15932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01916255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0215522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9191.97621938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.906335692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.69951955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47223.596801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.984152832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.10715129
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.22289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02118378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1914.5137847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1914.5137846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0796.7659793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0796.7659794
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0024.5488406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8076.78912143
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.67534.97418128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.67534.97418129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID
11A30113
12B30113
21A29291
22C29291
31A29901
32D29901
41B29480
42C29480
51B30036
52D30036
61C29325
62D29325
LS精密化 シェル解像度: 2.815→2.887 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 236 -
Rwork0.406 3886 -
obs--94.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.7036-0.6956-0.12634.32760.65151.0876-0.1780.25010.26490.04150.1442-0.10860.16090.1860.03380.2304-0.0449-0.05150.2520.03590.027351.9027-79.0434-19.4556
24.7687-1.2569-0.91567.3329-1.61244.91130.2258-0.09890.70780.05680.05970.994-0.821-0.1733-0.28550.328-0.0320.08330.2153-0.03490.53535.1072-53.6976-11.033
34.6842-0.69760.98998.6284-0.87344.5409-0.1627-0.32510.73770.70980.1057-1.16190.01730.26380.05690.12920.0701-0.08720.3553-0.15130.660859.1964-46.3814-6.3378
43.3781-1.44653.0147.2939-1.16115.2724-0.089-0.0708-0.2743-0.10010.17880.5256-0.0920.0102-0.08980.184100.04230.20770.010.0668-27.4212-76.992418.2751
56.4162-1.91541.17285.5327-1.51115.5552-0.5961-1.4511.16232.03610.3028-1.0832-1.05110.4970.29320.97470.0219-0.35990.7305-0.31580.4916-12.2512-54.902935.5357
63.7492-1.2892.84839.3985-2.26917.12360.12550.0937-0.14130.21450.23830.55060.0429-0.0913-0.36380.2875-0.00090.06180.14-0.04410.240628.1086-69.153922.6194
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96.1466-1.505-0.97045.37622.0382.8092-0.21460.11760.0113-0.24960.2691-1.12370.410.5482-0.05440.35340.10150.08170.29360.07650.4532-10.3937-87.448-27.0155
105.5465-2.3497-0.62769.6803-1.29356.21270.0703-0.13180.76690.12530.1395-0.4091-0.90050.0039-0.20990.1952-0.0079-0.00760.18990.00440.1589-25.3506-61.2923-15.9968
114.63080.59570.43587.74980.27913.9402-0.1072-0.3130.29790.34150.4961-1.8231-0.47390.8994-0.38890.3141-0.0468-0.03930.7185-0.22821.0874-0.9273-54.443-14.1362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 184
2X-RAY DIFFRACTION1A512 - 533
3X-RAY DIFFRACTION2A185 - 268
4X-RAY DIFFRACTION2A478 - 511
5X-RAY DIFFRACTION2A601
6X-RAY DIFFRACTION3A269 - 477
7X-RAY DIFFRACTION4B30 - 184
8X-RAY DIFFRACTION4B512 - 533
9X-RAY DIFFRACTION5B185 - 268
10X-RAY DIFFRACTION5B478 - 511
11X-RAY DIFFRACTION5B601
12X-RAY DIFFRACTION6C31 - 184
13X-RAY DIFFRACTION6C512 - 531
14X-RAY DIFFRACTION7C185 - 268
15X-RAY DIFFRACTION7C494 - 511
16X-RAY DIFFRACTION7C601
17X-RAY DIFFRACTION8C269 - 473
18X-RAY DIFFRACTION9D30 - 184
19X-RAY DIFFRACTION9D512 - 531
20X-RAY DIFFRACTION10D185 - 268
21X-RAY DIFFRACTION10D478 - 511
22X-RAY DIFFRACTION10D601
23X-RAY DIFFRACTION11D269 - 477

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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