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- PDB-4v52: Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v52
タイトルCrystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / RNA-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ネオマイシン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...ネオマイシン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Borovinskaya, M.A. / Pai, R.D. / Zhang, W. / Schuwirth, B.-S. / Holton, J.M. / Hirokawa, G. / Kaji, H. / Kaji, A. / Cate, J.H.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for aminoglycoside inhibition of bacterial ribosome recycling.
著者: Borovinskaya, M.A. / Pai, R.D. / Zhang, W. / Schuwirth, B.S. / Holton, J.M. / Hirokawa, G. / Kaji, H. / Kaji, A. / Cate, J.H.
履歴
登録2007年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2QAL, 2QAM, 2QAN, 2QAO
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE ARE 2 BIOLOGICAL UNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S rRNA
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AB: 30S ribosomal protein S2
AU: 30S ribosomal protein S21
BA: 5S rRNA
BB: 23S rRNA
BI: 50S ribosomal protein L11
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BK: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L19
BE: 50S ribosomal protein L4
BY: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L32
B4: 50S ribosomal protein L36
B1: 50S ribosomal protein L33
B3: 50S ribosomal protein L35
BV: 50S ribosomal protein L25
B2: 50S ribosomal protein L34
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BX: 50S ribosomal protein L29
BH: 50S ribosomal protein L9
BJ: 50S ribosomal protein L13
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BQ: 50S ribosomal protein L20
BS: 50S ribosomal protein L22
BU: 50S ribosomal protein L24
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BR: 50S ribosomal protein L21
BT: 50S ribosomal protein L23
BZ: 50S ribosomal protein L28
BW: 50S ribosomal protein L27
CA: 16S rRNA
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CB: 30S ribosomal protein S2
CU: 30S ribosomal protein S21
DA: 5S rRNA
DB: 23S rRNA
DI: 50S ribosomal protein L11
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DK: 50S ribosomal protein L14
DP: 50S ribosomal protein L19
DE: 50S ribosomal protein L4
DY: 50S ribosomal protein L30
D0: 50S ribosomal protein L32
D4: 50S ribosomal protein L36
D1: 50S ribosomal protein L33
D3: 50S ribosomal protein L35
DV: 50S ribosomal protein L25
D2: 50S ribosomal protein L34
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DX: 50S ribosomal protein L29
DH: 50S ribosomal protein L9
DJ: 50S ribosomal protein L13
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DQ: 50S ribosomal protein L20
DS: 50S ribosomal protein L22
DU: 50S ribosomal protein L24
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DR: 50S ribosomal protein L21
DT: 50S ribosomal protein L23
DZ: 50S ribosomal protein L28
DW: 50S ribosomal protein L27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,297,709453
ポリマ－4,286,783104
非ポリマー10,926349
水29,3101627
1
AA: 16S rRNA
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AB: 30S ribosomal protein S2
AU: 30S ribosomal protein S21
BA: 5S rRNA
BB: 23S rRNA
BI: 50S ribosomal protein L11
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BK: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L19
BE: 50S ribosomal protein L4
BY: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L32
B4: 50S ribosomal protein L36
B1: 50S ribosomal protein L33
B3: 50S ribosomal protein L35
BV: 50S ribosomal protein L25
B2: 50S ribosomal protein L34
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BX: 50S ribosomal protein L29
BH: 50S ribosomal protein L9
BJ: 50S ribosomal protein L13
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BQ: 50S ribosomal protein L20
BS: 50S ribosomal protein L22
BU: 50S ribosomal protein L24
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BR: 50S ribosomal protein L21
BT: 50S ribosomal protein L23
BZ: 50S ribosomal protein L28
BW: 50S ribosomal protein L27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,148,818225
ポリマ－2,143,39252
非ポリマー5,427173
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 16S rRNA
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CB: 30S ribosomal protein S2
CU: 30S ribosomal protein S21
DA: 5S rRNA
DB: 23S rRNA
DI: 50S ribosomal protein L11
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DK: 50S ribosomal protein L14
DP: 50S ribosomal protein L19
DE: 50S ribosomal protein L4
DY: 50S ribosomal protein L30
D0: 50S ribosomal protein L32
D4: 50S ribosomal protein L36
D1: 50S ribosomal protein L33
D3: 50S ribosomal protein L35
DV: 50S ribosomal protein L25
D2: 50S ribosomal protein L34
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DX: 50S ribosomal protein L29
DH: 50S ribosomal protein L9
DJ: 50S ribosomal protein L13
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DQ: 50S ribosomal protein L20
DS: 50S ribosomal protein L22
DU: 50S ribosomal protein L24
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DR: 50S ribosomal protein L21
DT: 50S ribosomal protein L23
DZ: 50S ribosomal protein L28
DW: 50S ribosomal protein L27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,148,891228
ポリマ－2,143,39252
非ポリマー5,499176
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.848, 379.202, 739.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit consists of 2 subunits. There are 2 biological units in the same asymmetric unit.

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 6分子 AACABADABBDB

#1: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 83754040
#22: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357928
#23: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357927

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCPAQCQ...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26650.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8392.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 BIDIBCDCBDDDBKDKBPDPBEDEBYDYB0D0B4D4B1D1B3D3BVDVB2D2BLDLBMDM...

#24: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J7
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29792.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY3
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG51
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6257.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#36: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY7
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AA10
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG44
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60624
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62399
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG55
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG48
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M2
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8

-
非ポリマー , 4種, 1976分子

#53: 化合物
ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB / ネオマイシン


分子量: 614.644 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / コメント: 抗生剤*YM
#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#56: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2MgCl211
3NH4Cl11
4spermineスペルミン11
5spermidineスペルミジン11
6TRISトリスヒドロキシメチルアミノメタン11
7EDTAエチレンジアミン四酢酸11
8H2O11
9PEG 800012
10MgCl212
11NH4Cl12
12spermineスペルミン12
13spermidineスペルミジン12
14TRISトリスヒドロキシメチルアミノメタン12
15EDTAエチレンジアミン四酢酸12

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.111 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月7日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→139 Å / Num. obs: 626512 / % possible obs: 66.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.21→3.7 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 12.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AVY, 2AW4, 2AW7, 2AWB

2avy
PDB 未公開エントリ

2aw4
PDB 未公開エントリ

2aw7
PDB 未公開エントリ

2awb
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.21→70 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: torsional dynamics
Rfactor反射数
Rfree0.309 30050
Rwork0.274 -
all-946132
obs-626435
原子変位パラメータBiso mean: 85.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18536 32831 102 300 51769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.905

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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