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万見
- PDB-4txa: Crystal structure of N-terminus of Roquin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4txa
タイトルCrystal structure of N-terminus of Roquin
要素Roquin-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA-binding HEPN RING ROQ
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / T follicular helper cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of germinal center formation ...negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / T follicular helper cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of germinal center formation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / P-body assembly / RNA stem-loop binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / miRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of B cell proliferation / T cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / B cell homeostasis / lymph node development / cellular response to interleukin-1 / T cell proliferation / spleen development / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic stress granule / protein polyubiquitination / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / double-stranded RNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / T cell receptor signaling pathway / 遺伝子発現の調節 / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Roquin 1/2-like, ROQ domain / Roquin II / Roquin II domain / zinc-RING finger domain / RING-type zinc-finger / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...: / Roquin 1/2-like, ROQ domain / Roquin II / Roquin II domain / zinc-RING finger domain / RING-type zinc-finger / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kershaw, N.J. / Vinuesa, C.G. / Babon, J.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: N/A
著者: kershaw, N.J.
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3853
ポリマ－54,2541
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.804, 80.191, 54.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Roquin-1 / Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type ...Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 1


分子量: 54254.219 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-484 / 変異: M199R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rc3h1, Gm551, Kiaa2025 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q4VGL6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 7-20% PEG 8000, 0.1M CHES / PH範囲: 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.265102 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.265102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→68.71 Å / Num. obs: 14921 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 91.79 Å2 / Net I/σ(I): 13.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→37.83 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 728 4.9 %
Rwork0.2184 --
obs0.2201 14761 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→37.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 2 0 2838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9663919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8371073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.84830.3925890.38881947X-RAY DIFFRACTION69
2.8483-2.96230.43351420.3752609X-RAY DIFFRACTION94
2.9623-3.0970.39151490.36552755X-RAY DIFFRACTION98
3.097-3.26020.34821370.30922774X-RAY DIFFRACTION98
3.2602-3.46440.34711460.27312763X-RAY DIFFRACTION98
3.4644-3.73160.27131430.24942765X-RAY DIFFRACTION99
3.7316-4.10680.25551370.20722779X-RAY DIFFRACTION99
4.1068-4.70010.21681560.18572754X-RAY DIFFRACTION99
4.7001-5.91790.23861440.21022788X-RAY DIFFRACTION99
5.9179-37.83390.19521320.17362777X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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