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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fve
タイトルCrystal Structure of Helicobacter pylori beta clamp in complex with 3, 4-Difluorobenzamide
要素DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA
キーワードTRANSFERASE / DNA CLAMP / SLIDING CLAMP
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-difluorobenzamide / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Pandey, P. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: Antibiotics (Basel) / 年: 2018
タイトル: Screening of E. coli beta-clamp Inhibitors Revealed that Few Inhibit Helicobacter pylori More Effectively: Structural and Functional Characterization.
著者: Pandey, P. / Verma, V. / Dhar, S.K. / Gourinath, S.
履歴
登録2016年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32021年3月17日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3962
ポリマ－42,2381
非ポリマー1571
水1,65792
1
A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA
ヘテロ分子

A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7914
ポリマ－84,4772
非ポリマー3142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area2220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area33900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.071, 66.383, 82.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA / BETA CLAMP


分子量: 42238.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O25242, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-2HO / 3,4-difluorobenzamide / 3,4-ジフルオロベンズアミド


分子量: 157.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5F2NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% V/V PEG MME550, 6% W/V PEG 20000, 0.01M MGCL2, 0.1M MOPS/HEPES-NA PH 7.3, 0.2M AMMONIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.935
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 26589 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0.3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 33.17
反射 シェル解像度: 2.07→50 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RKI

4rki


解像度: 2.07→74.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 13.133 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24732 1342 5.1 %RANDOM
Rwork0.2127 ---
obs0.21446 25206 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.28 Å20 Å22.23 Å2
2---3.52 Å20 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→74.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2870 0 11 92 2973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.9863951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84836611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7615365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.59926.017118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09315556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.393154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4274.0511466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4274.051465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4616.0671829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4616.0691830
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3554.2691464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3554.2711465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.346.3332122
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.1931.2423048
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.14131.2023024
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.071→2.125 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 81 -
Rwork0.284 1640 -
obs--88.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.9213 Å / Origin y: -0.2759 Å / Origin z: -17.0613 Å
111213212223313233
T0.0907 Å2-0.0434 Å20.0412 Å2-0.1049 Å2-0.0188 Å2--0.0324 Å2
L0.7655 °20.1626 °20.0013 °2-0.0434 °20.0029 °2--0.3583 °2
S-0.0354 Å °-0.1419 Å °0.0613 Å °0.0146 Å °-0.0564 Å °0.0194 Å °0.118 Å °0.035 Å °0.0918 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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