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- PDB-4tvq: CCM3 in complex with CCM2 LD-like motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tvq
タイトルCCM3 in complex with CCM2 LD-like motif
要素
  • Cerebral cavernous malformations 2 proteinCavernous hemangioma
  • Cerebral cavernous malformations 3 proteinCavernous hemangioma
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / FAT-HOMOLOGY DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial cell development / FAR/SIN/STRIPAK complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / regulation of Golgi organization / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / pericardium development ...endothelial cell development / FAR/SIN/STRIPAK complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / regulation of Golgi organization / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / pericardium development / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / establishment of Golgi localization / positive regulation of intracellular protein transport / cell-cell junction organization / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of Notch signaling pathway / inner ear development / 脈管形成 / regulation of angiogenesis / stress-activated MAPK cascade / cellular response to leukemia inhibitory factor / integrin-mediated signaling pathway / multicellular organism growth / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / heart development / 血管新生 / in utero embryonic development / protein stabilization / positive regulation of cell migration / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 ...Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / PTB/PI domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cerebral cavernous malformations 2 protein / Programmed cell death protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, X. / Zhang, R. / Fisher, O.S. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS085078 米国
American Heart Association11POST7630017 米国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2015
タイトル: CCM2-CCM3 interaction stabilizes their protein expression and permits endothelial network formation.
著者: Draheim, K.M. / Li, X. / Zhang, R. / Fisher, O.S. / Villari, G. / Boggon, T.J. / Calderwood, D.A.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cerebral cavernous malformations 3 protein
B: Cerebral cavernous malformations 3 protein
C: Cerebral cavernous malformations 3 protein
D: Cerebral cavernous malformations 3 protein
E: Cerebral cavernous malformations 2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4535
ポリマ－101,4535
非ポリマー00
水0
1
A: Cerebral cavernous malformations 3 protein
B: Cerebral cavernous malformations 3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8622
ポリマ－49,8622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
2
C: Cerebral cavernous malformations 3 protein
D: Cerebral cavernous malformations 3 protein
E: Cerebral cavernous malformations 2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5913
ポリマ－51,5913
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.855, 113.552, 120.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cerebral cavernous malformations 3 protein / Cavernous hemangioma / Programmed cell death protein 10 TF-1 cell apoptosis-related protein 15


分子量: 24930.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD10, CCM3, TFAR15 / プラスミド: PET32 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA BL21 / 参照: UniProt: Q9BUL8
#2: タンパク質・ペプチド Cerebral cavernous malformations 2 protein / Cavernous hemangioma / Malcavernin


分子量: 1729.864 Da / 分子数: 1 / Fragment: INTERDOMAIN LINKER LD-LIKE MOTIF RESIDUES 224-239 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSQ5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15-20% PEG3350, 0.1-0.2M POTASSIUM FLUORIDE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR + SAGITTALLY-FOCUSING SECOND CRYSTAL + MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 130452 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 78.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.937 / Mean I/σ(I) obs: 1.654 / Rsym value: 0.937 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.8-pre-4968モデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
PHASERccp4-6.4.0位相決定
HKL-20002000.0.98.705aデータ削減
HKL-20002000.0.98.705aデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L8I

3l8i


解像度: 2.8→49.49 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1076 5.09 %Random selection
Rwork0.239 ---
obs0.241 21136 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5969 0 0 0 5969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5838124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9272336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.92920.30151270.25562352X-RAY DIFFRACTION95
2.9292-3.08360.32871420.26632441X-RAY DIFFRACTION98
3.0836-3.27680.3121330.24442437X-RAY DIFFRACTION98
3.2768-3.52970.29531310.24452489X-RAY DIFFRACTION99
3.5297-3.88480.28181270.23192530X-RAY DIFFRACTION100
3.8848-4.44670.24641210.22262556X-RAY DIFFRACTION100
4.4467-5.60110.28771520.23512560X-RAY DIFFRACTION100
5.6011-49.49520.25871430.24652695X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.15570.2455-0.35194.0061-1.46532.54420.03570.11740.86390.51110.2770.4385-0.0179-0.1683-0.3130.33040.01420.09220.4495-0.00640.58548.0787-4.9489-35.9601
22.2165-0.21580.16881.695-0.0142.54840.3748-0.93-0.36750.2987-0.1807-0.0472-0.6261-0.1518-0.14620.5363-0.14690.05090.64280.1070.318525.6286-10.5976-15.9201
33.35640.6656-0.43664.4947-0.66353.45570.1650.41310.4901-0.42520.27370.4493-0.3523-0.4042-0.17890.28540.0990.09490.43850.05490.497220.1542-1.0011-37.1491
40.8376-0.1013-1.0743.19473.27383.8551-0.07770.032-0.4007-0.51340.6005-0.5811-0.23690.5455-0.15770.6243-0.08670.02280.3782-0.18320.703710.4132-30.5244-47.8668
53.3093-1.0008-0.65072.91720.88851.94690.2249-0.11340.7330.3476-0.0775-0.57090.03280.33630.00310.2635-0.0774-0.00850.3909-0.03740.4591-4.4248-7.0251-25.5012
60.88460.9046-0.18453.4564-1.84733.8986-0.0730.2013-0.1664-0.11870.22090.3831-0.5630.22450.00680.3893-0.03250.03290.4022-0.05630.0974-26.01375.8678-52.0921
72.4756-1.27361.22243.40671.87852.80320.05910.05460.00580.4028-0.2542-0.07510.18360.13390.22230.2895-0.10090.01430.34760.02110.3195-18.4006-4.9048-24.9562
83.7852-0.3434-1.92445.20821.57465.23560.0251-0.181-0.0890.36240.2953-0.1960.833-0.0527-0.1510.3685-0.0216-0.16570.1642-0.03640.512-8.6128-33.6724-24.4606
95.1286-0.44812.12732.57180.26440.96920.42770.047-0.5513-0.75980.032-0.1879-1.0382-0.58420.1760.66340.09250.20110.6592-0.0270.4068-21.93611.5475-65.275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 69 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 207 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 12 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 70 through 209 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 69 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 70 through 210 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 15 through 69 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 70 through 210 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 224 through 239 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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