PDB-3rqf: Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rqf

タイトル

Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD2

要素

Paxillin LD2 peptide
Programmed cell death protein 10

キーワード

PROTEIN BINDING / Protein-peptide complex / FAT domain / Dimerization / Cerebral Cavernous Malformation

機能・相同性

機能・相同性情報

intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of intracellular protein transport / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Homo Sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Li, X. / Zhang, R. / Boggon, T.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Recognition of Leucine-Aspartate Repeat (LD) Motifs by the Focal Adhesion Targeting Homology Domain of Cerebral Cavernous Malformation 3 (CCM3).
著者: Li, X. / Ji, W. / Zhang, R. / Folta-Stogniew, E. / Min, W. / Boggon, T.J.

履歴

登録	2011年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rqf.cif.gz	333 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rqf.ent.gz	276.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rqf_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rqf_full_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示
XML形式データ	3rqf_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	3rqf_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rqeC 3rqgC 3l8iS 3ajm 3l8j S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rqe-3 3rqg-1 3rqg-4 6xmu-d 2qm4-d 1zt2-d 6nms-d 4jdx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Programmed cell death protein 10

B: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10

D: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD2 peptide

101 kDa, 5 ポリマー
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1

B: Programmed cell death protein 10

A: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10

D: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD2 peptide

ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 5 ポリマー
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2

C: Programmed cell death protein 10

D: Programmed cell death protein 10

A: Programmed cell death protein 10

B: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD2 peptide

ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 5 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

D: Programmed cell death protein 10

A: Programmed cell death protein 10

B: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD2 peptide

ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.862, 115.469, 124.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Programmed cell death protein 10 分子量: 24930.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD10 / プラスミド: Modified pET-32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL8
#2: タンパク質・ペプチド	Paxillin LD2 peptide 分子量: 1542.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo Sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1-0.2 M potassium fluoride,15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.078 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 207195 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 78.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.263 / R_sym value: 0.82 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L8I

3l8i

解像度: 2.7→42.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 36.684 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	1292	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2373	-	-	-
all	0.24	25361	-	-
obs	0.2399	25361	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.315 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6470	0	0	4	6474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.897	1.974	8813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.835	5	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.652	25.079	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.243	15	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.449	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	4777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.233	1.5	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.441	2	6452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.545	3	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.913	4.5	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.705→2.775 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	81	-
R_work	0.322	1683	-
obs	-	1764	96.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.5028	0.8141	-0.9171	5.1987	-0.8369	8.4468	-0.1084	-0.4305	1.129	0.0075	0.2874	-0.1322	-0.0889	0.5457	-0.179	0.0058	-0.0112	0.0068	0.2262	-0.0625	0.1895	-10.6476	-4.6946	38.0908
2	9.4168	-1.9432	1.3021	3.2348	-0.372	9.4645	-0.0025	-0.2013	1.2998	0.2438	0.0988	0.0074	-0.4443	0.1818	-0.0963	0.0613	-0.0527	0.0259	0.1242	-0.0001	0.3681	-23.1407	-0.5791	39.36
3	8.2213	-1.6018	1.0634	5.3329	-0.7098	2.7719	0.1121	0.5844	0.7628	-0.3143	-0.1254	-0.4456	-0.1356	-0.1476	0.0133	0.1155	0.0071	0.1167	0.2335	0.0195	0.18	2.4288	-6.6616	27.9169
4	9.7961	2.4592	1.2683	3.8349	2.04	7.6794	-0.3406	0.7947	0.9875	-0.2082	0.076	0.2869	-0.0784	-0.0953	0.2647	0.0411	0.0118	0.0203	0.2319	0.0937	0.2641	17.4085	-3.675	26.7784
5	3.3638	2.3228	-2.7482	3.8438	-4.5296	11.457	-0.0106	0.58	0.1	-0.1175	0.3473	0.2782	0.0487	0.0561	-0.3367	0.0868	0.0712	0.0332	0.3635	-0.0203	0.0824	-29.2407	-5.5243	10.9361
6	4.5146	0.9897	-2.9103	9.0636	-5.6592	10.1471	0.0507	-0.5236	-0.4614	1.294	0.1639	0.6036	-0.1824	-0.1713	-0.2146	0.3904	-0.0157	0.0909	0.1169	0.139	0.2417	-12.2988	-29.659	52.3435
7	6.3043	-1.6516	-0.0758	5.4925	3.0152	10.579	-0.3471	-1.1735	0.9854	0.269	0.4502	-0.1123	-0.7565	-0.4853	-0.1031	0.1365	0.1046	0.0195	0.5553	-0.1786	0.2663	24.5914	3.8891	54.8192
8	3.862	0.6915	-2.9054	14.2254	5.8872	12.1014	-0.2761	0.1408	-0.3574	-1.1354	0.3992	-1.0252	0.7615	0.4368	-0.1231	0.3983	0.0931	0.0722	0.0782	-0.0368	0.3297	7.0305	-33.7359	26.2365

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-1 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	9 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	70 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	70 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	70 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	70 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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