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- PDB-3ajm: Crystal structure of programmed cell death 10 in complex with ino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ajm
タイトルCrystal structure of programmed cell death 10 in complex with inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate
要素Programmed cell death protein 10
キーワードAPOPTOSIS / adaptor protein / dimerization / four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of intracellular protein transport / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells ...intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of intracellular protein transport / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells / positive regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of MAP kinase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / angiogenesis / protein stabilization / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / Programmed cell death protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ding, J. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of human programmed cell death 10 complexed with inositol-(1,3,4,5)-tetrakisphosphate: a novel adaptor protein involved in human cerebral cavernous malformation.
著者: Ding, J. / Wang, X. / Li, D.F. / Hu, Y. / Zhang, Y. / Wang, D.C.
履歴
登録2010年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 10
B: Programmed cell death protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2933
ポリマ－49,7932
非ポリマー5001
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.830, 89.830, 114.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

HOH

21A-221-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 10 / TF-1 cell apoptosis-related protein 15 / Cerebral cavernous malformations 3 protein


分子量: 24896.619 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD10 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL8
#2: 化合物 ChemComp-4IP / INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,5-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A10.97888, 0.97928, 0.96405
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2008年10月26日
ADSC QUANTUM 2702CCD2008年10月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978881
20.979281
30.964051
411
反射解像度: 2.3→48.17 Å / Num. all: 21459 / Num. obs: 21428 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 3070 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.915 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2641 1095 5.12 %RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.216 21366 99.8 %-
all-21413 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.529 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6117 Å20 Å2-0 Å2
2--4.6117 Å20 Å2
3----9.2235 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3191 0 28 99 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6764407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1921303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002558
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3001-2.40480.25541450.204224682468100
2.4048-2.53160.2771240.207324982498100
2.5316-2.69020.27171460.207324742474100
2.6902-2.89780.25931420.215225232523100
2.8978-3.18940.26641370.219925032503100
3.1894-3.65070.2671620.198925062506100
3.6507-4.59880.24981290.18225732573100
4.5988-44.92350.26141100.23162726272699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.875-1.93971.94912.5551-2.23462.1005-0.104-0.1031-0.05910.15840.31310.1178-0.1219-0.50920.00010.2350.0358-0.00620.38210.01410.174182.796832.364516.2286
23.43540.0423-1.0772.0408-0.0612.24750.1885-0.01370.33080.1310.10660.129-0.22720.17110.00010.21050.03560.06260.21850.05770.316165.641552.264117.1918
33.085-0.64790.3560.3173-0.71452.13710.0148-0.0524-0.08630.04430.02350.10010.3925-0.2302-0.00070.28440.02120.00830.22750.03940.200485.503431.056612.7872
41.5983-0.37690.07972.5772-0.26722.29660.23250.69150.0491-0.4575-0.2577-0.32010.08980.48590.00030.4010.13520.030.6630.06530.3424116.208633.617614.6177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 17:86
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 98:211
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESSEQ 17:86
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESSEQ 98:209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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