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Yorodumi- PDB-2qm4: Crystal structure of human XLF/Cernunnos, a non-homologous end-jo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qm4 | ||||||
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Title | Crystal structure of human XLF/Cernunnos, a non-homologous end-joining factor | ||||||
Components | Non-homologous end-joining factor 1 | ||||||
Keywords | RECOMBINATION / XRCC4 like factor / homodimer / beta-sandwich / coiled-coil | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / response to ionizing radiation / T cell differentiation / DNA polymerase binding ...positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / response to ionizing radiation / T cell differentiation / DNA polymerase binding / B cell differentiation / central nervous system development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / fibrillar center / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Sibanda, B.L. / Bolanos-Garcia, V.M. / Davies, O.R. / Blundell, T.L. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2008 Title: Crystal structure of human XLF/Cernunnos reveals unexpected differences from XRCC4 with implications for NHEJ. Authors: Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Bolanos-Garcia, V.M. / Sibanda, B.L. / Davies, O.R. / Ahnesorg, P. / Jackson, S.P. / Blundell, T.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qm4.cif.gz | 191.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qm4.ent.gz | 163.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qm4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2qm4_validation.pdf.gz | 455.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2qm4_full_validation.pdf.gz | 474.2 KB | Display | |
Data in XML | 2qm4_validation.xml.gz | 36 KB | Display | |
Data in CIF | 2qm4_validation.cif.gz | 50.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/2qm4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a dimer. Two dimers are present in the asymmetric unit of the crystal (chans A and B; chains C and D) |
-Components
#1: Protein | Mass: 27059.791 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NHEJ1, XLF / Plasmid: pETG-41A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 / References: UniProt: Q9H9Q4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 23% PEG 6000, 0.1M Bis-Tris-Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9807 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 6, 2007 Details: toroidal mirror is curved by a pneumatically operated bending mechanism and focusses the beam in both the horizontal and vertica |
Radiation | Monochromator: Si(311) monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9807 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 51827 / Num. obs: 51723 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.35 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Num. unique all: 3438 / Rsym value: 0.0302 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 13.952 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.225 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.743 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→37.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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