PDB-3rqg: Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rqg

タイトル

Cerebral cavernous malformation 3 (CCM3) in complex with paxillin LD4

要素

Paxillin LD4 peptide
Programmed cell death protein 10

キーワード

PROTEIN BINDING / Protein-peptide complex / FAT domain / Dimerization / Cerebral Cavernous Malformation

機能・相同性

機能・相同性情報

intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelium development / Golgi reassembly / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of intracellular protein transport / establishment of Golgi localization / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Homo Sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Li, X. / Zhang, R. / Boggon, T.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Recognition of Leucine-Aspartate Repeat (LD) Motifs by the Focal Adhesion Targeting Homology Domain of Cerebral Cavernous Malformation 3 (CCM3).
著者: Li, X. / Ji, W. / Zhang, R. / Folta-Stogniew, E. / Min, W. / Boggon, T.J.

履歴

登録	2011年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rqg.cif.gz	349.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rqg.ent.gz	291 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rqeC 3rqfC 3l8iS 3ajm 3l8j S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rqf-1 3rqe-3 6nms-d 4jdx-d 4jdq-d 5ve5-d 1zt2-d 3rqf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Programmed cell death protein 10

B: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10

D: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD4 peptide

101 kDa, 5 ポリマー
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1

D: Programmed cell death protein 10

A: Programmed cell death protein 10

B: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD4 peptide

ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 5 ポリマー
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2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

3

A: Programmed cell death protein 10

B: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10

D: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD4 peptide

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4

B: Programmed cell death protein 10

A: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10

D: Programmed cell death protein 10

E: Paxillin LD4 peptide

ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.941, 116.159, 124.635
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Programmed cell death protein 10 分子量: 24930.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD10 / プラスミド: Modified pET-32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL8
#2: タンパク質・ペプチド	Paxillin LD4 peptide 分子量: 1436.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo Sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1-0.2 M potassium fluoride, 15-20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.078 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 272233 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 70.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 2.436 / R_sym value: 0.984 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L8I

3l8i

解像度: 2.5→44.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 26.803 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29106	1617	5 %	RANDOM
R_work	0.24101	-	-	-
all	0.244	32327	-	-
obs	0.24359	32327	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.602 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6740	0	0	15	6755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.985	1.973	9198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.378	5	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.367	25.045	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.224	15	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.659	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.365	1.5	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.688	2	6723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.917	3	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.503	4.5	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	95	-
R_work	0.291	2232	-
obs	-	2327	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0117	-0.7734	1.0614	4.6785	-0.2915	6.5064	-0.0207	-0.4301	0.8235	0.0623	-0.0413	-0.07	-0.2345	0.4807	0.062	0.0246	-0.0203	0.0107	0.1979	0.0054	0.1785	-10.599	-4.4817	38.1236
2	8.803	-1.754	0.1469	3.0743	-0.533	6.103	-0.0513	-0.7237	1.2175	0.2574	0.1456	-0.2409	-0.3776	0.2178	-0.0943	0.0903	-0.0744	0.0003	0.2022	-0.0122	0.4172	-23.0416	-0.4886	39.636
3	5.6638	-0.5177	0.213	3.0736	-0.8161	2.6963	0.1657	0.4926	0.5165	-0.2798	-0.0831	-0.1933	-0.0819	-0.1166	-0.0827	0.0898	-0.005	0.0452	0.1595	0.0379	0.1608	2.5065	-6.6283	27.9704
4	7.2858	2.0524	0.4597	4.6792	1.4021	5.6607	-0.0882	0.6839	0.3689	-0.3548	0.0145	-0.0084	-0.1692	-0.0426	0.0737	0.0651	0.0006	0.0295	0.2141	0.0464	0.2175	17.7764	-3.3253	26.9058
5	20.64	-6.6908	9.4856	9.764	-0.4492	16.4996	0.1792	0.8474	-1.5004	1.9092	-0.6831	0.7259	1.6164	-0.0318	0.5039	1.6197	0.2019	0.292	1.9197	-0.0848	1.2401	21.1817	-1.8297	68.2067
6	1.6675	-0.8888	0.4848	1.1032	-0.7477	0.5346	-0.0226	-0.1821	0.4699	-0.0875	0.1172	-0.0419	0.087	-0.1318	-0.0946	0.3482	-0.0861	0.0377	0.4671	-0.1363	0.6089	4.1812	-8.1478	35.8262
7	3.2878	2.0872	-1.7746	2.9625	-2.7529	8.5634	-0.1725	0.8129	-0.1609	-0.3333	0.3415	0.037	0.0986	0.0915	-0.169	0.1078	0.0073	0.0597	0.4111	-0.0456	0.0992	-29.1855	-5.4193	11.1251
8	4.1079	0.7874	-1.7402	7.2524	-4.112	8.1225	0.0993	-0.7796	-0.4028	1.2983	0.1885	0.6488	0.1599	-0.4618	-0.2879	0.5402	-0.0784	0.1331	0.2785	0.2109	0.3296	-12.2617	-29.5153	53.2766
9	5.2927	-1.0153	-0.7324	3.2989	1.4336	8.9342	-0.0516	-0.9066	1.0976	0.2779	0.4465	0.0294	-1.1947	-0.0453	-0.3949	0.241	0.0437	0.0791	0.3602	-0.1459	0.3608	24.8308	5.9256	54.7653
10	4.0143	0.1014	-1.3199	11.5013	3.5886	9.2253	0.0963	0.3978	-0.4595	-1.3559	0.0771	-0.7601	0.8899	0.48	-0.1734	0.5156	0.143	0.0232	0.1043	-0.0287	0.355	5.9848	-33.8648	25.5638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-1 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	8 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	262 - 273
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	213 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	6	C	213 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	213 - 214
9	X-RAY DIFFRACTION	6	E	9
10	X-RAY DIFFRACTION	6	D	213 - 217
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	70 - 212
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	70 - 210
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	70 - 210
14	X-RAY DIFFRACTION	10	D	70 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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