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- PDB-4tnd: Crystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tnd
タイトルCrystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 in Complex with AMP-PNP
要素G protein-coupled receptor kinase 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / GRK5-(5-Adenylylimidodiphosphate) complex / GRK5-(AMP-PNP) complex / GPCR Kinase / Kinase / GPCR Kinase 5
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / fat cell differentiation / regulation of signal transduction / protein kinase C binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipid binding ...G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / fat cell differentiation / regulation of signal transduction / protein kinase C binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipid binding / Wnt signaling pathway / nuclear membrane / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / protein autophosphorylation / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases ...GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / G protein-coupled receptor kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Bhardwaj, A. / Komolov, K.E. / Benovic, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Atomic Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 (GRK5) Reveals Distinct Structural Features Novel for GRKs.
著者: Komolov, K.E. / Bhardwaj, A. / Benovic, J.L.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G protein-coupled receptor kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4733
ポリマ－67,9431
非ポリマー5312
水9,188510
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.975, 62.975, 292.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 G protein-coupled receptor kinase 5 / G protein-coupled receptor kinase GRK5


分子量: 67942.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRK5, GPRK5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P34947, G-protein-coupled receptor kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.15 M Sodium Chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 Crystal growth and size improved by using micro-seeding technique

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月10日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.802→47.728 Å / Num. obs: 52646 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 30.4 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 63.85
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8292 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Rsym value: 0.851 / % possible all: 59.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACX

2acx


解像度: 1.802→47.728 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 2459 4.67 %Random selection
Rwork0.1726 ---
obs0.1741 52638 94.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→47.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4290 0 32 510 4832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1895948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1961709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8022-1.83680.2918850.26551746X-RAY DIFFRACTION61
1.8368-1.87430.2863980.22781995X-RAY DIFFRACTION69
1.8743-1.91510.26951120.22142279X-RAY DIFFRACTION79
1.9151-1.95960.24941260.2162564X-RAY DIFFRACTION88
1.9596-2.00860.25021380.19792818X-RAY DIFFRACTION97
2.0086-2.06290.20841410.18432883X-RAY DIFFRACTION100
2.0629-2.12360.19421450.18122958X-RAY DIFFRACTION100
2.1236-2.19220.23151410.17292891X-RAY DIFFRACTION100
2.1922-2.27050.22461440.17952940X-RAY DIFFRACTION100
2.2705-2.36140.23451440.1872921X-RAY DIFFRACTION100
2.3614-2.46890.2461440.18912946X-RAY DIFFRACTION100
2.4689-2.59910.24981440.18382929X-RAY DIFFRACTION100
2.5991-2.76190.19861460.1852988X-RAY DIFFRACTION100
2.7619-2.97510.22251460.18652965X-RAY DIFFRACTION100
2.9751-3.27440.23471450.18212990X-RAY DIFFRACTION100
3.2744-3.74810.18231490.16063020X-RAY DIFFRACTION100
3.7481-4.72150.15671500.13723069X-RAY DIFFRACTION100
4.7215-47.74520.17871610.163277X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.13150.61530.76563.2215-0.58294.70220.1455-0.2117-0.00260.5206-0.1942-0.2575-0.11510.3392-0.04030.2785-0.05490.04050.14970.01440.255230.9558-11.195413.0841
24.7877-0.1563-2.15590.31190.1472.07270.27030.24040.3489-0.0137-0.07550.1284-0.184-0.3717-0.14930.19270.0270.0370.1530.03040.26163.0005-10.431914.6022
31.46240.3604-0.73740.8918-0.06081.2825-0.0889-0.0535-0.22740.13810.00050.02510.35380.02420.05620.2509-0.00740.00680.11570.01640.170221.2427-37.590423.6041
41.34340.7905-0.1834.111-0.38271.0023-0.12-0.0546-0.12320.17470.11210.45490.2517-0.1296-0.00340.2855-0.04110.09110.22010.0380.25234.6248-41.067432.586
51.2665-0.0799-0.49720.60480.3441.80750.044-0.04140.18710.06680.0626-0.1056-0.16620.0955-0.0270.1202-0.0320.00240.1277-0.0070.152431.3022-20.663812.2589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 177 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 178 through 393 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 394 through 467 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 468 through 543 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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