PDB-3zwv: Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with ara-2'F-A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zwv

タイトル

Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with ara-2'F-ADP- ribose at 2.3 angstrom

要素

ADP-RIBOSYL CYCLASE

キーワード

HYDROLASE / CD38

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / single fertilization / positive regulation of B cell proliferation / transferase activity / cytoplasmic vesicle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kotaka, M. / Graeff, R. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural studies of intermediates along the cyclization pathway of Aplysia ADP-ribosyl cyclase.
著者: Kotaka, M. / Graeff, R. / Chen, Z. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

履歴

登録	2011年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.2	2012年1月25日	Group: Other
改定 1.3	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / reflns Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _reflns.d_resolution_high
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zwv.cif.gz	826.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zwv.ent.gz	690.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zwv_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zwv_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	3zwv_validation.xml.gz	77.8 KB	表示
CIF形式データ	3zwv_validation.cif.gz	103.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zwmC 3zwnC 3zwoC 3zwpC 3zwwC 1r12S 1lbe 1r0s 1r15 1r16 3zwx 3zwy C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zwp-3 3zww-3 3zww-2 3zwx-4 3zwy-2 3zww-4 3zwx-1 3zwo-4 3zwy-3 1r15-1 3zwy-1 1r15-2 3zwm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-RIBOSYL CYCLASE

B: ADP-RIBOSYL CYCLASE

C: ADP-RIBOSYL CYCLASE

D: ADP-RIBOSYL CYCLASE

E: ADP-RIBOSYL CYCLASE

F: ADP-RIBOSYL CYCLASE

G: ADP-RIBOSYL CYCLASE

H: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

242 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ADP-RIBOSYL CYCLASE

B: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ADP-RIBOSYL CYCLASE

D: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

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60.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ADP-RIBOSYL CYCLASE

F: ADP-RIBOSYL CYCLASE

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4

G: ADP-RIBOSYL CYCLASE

H: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.146, 76.481, 141.366
Angle α, β, γ (deg.)	88.09, 90.88, 91.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	A	A	6 - 24	8 - 26
2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	B	B	6 - 24	8 - 26
3	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	C	C	6 - 24	8 - 26
4	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	D	D	6 - 24	8 - 26
5	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	E	E	6 - 24	8 - 26
6	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	F	F	6 - 24	8 - 26
7	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	G	G	6 - 24	8 - 26
8	1	GLU	GLU	LEU	LEU	5	H	H	6 - 24	8 - 26
1	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	A	A	34 - 45	36 - 47
2	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	B	B	34 - 45	36 - 47
3	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	C	C	34 - 45	36 - 47
4	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	D	D	34 - 45	36 - 47
5	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	E	E	34 - 45	36 - 47
6	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	F	F	34 - 45	36 - 47
7	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	G	G	34 - 45	36 - 47
8	2	CYS	CYS	PHE	PHE	4	H	H	34 - 45	36 - 47
1	3	SER	SER	SER	SER	4	A	A	57 - 64	59 - 66
2	3	SER	SER	SER	SER	4	B	B	57 - 64	59 - 66
3	3	SER	SER	SER	SER	4	C	C	57 - 64	59 - 66
4	3	SER	SER	SER	SER	4	D	D	57 - 64	59 - 66
5	3	SER	SER	SER	SER	4	E	E	57 - 64	59 - 66
6	3	SER	SER	SER	SER	4	F	F	57 - 64	59 - 66
7	3	SER	SER	SER	SER	4	G	G	57 - 64	59 - 66
8	3	SER	SER	SER	SER	4	H	H	57 - 64	59 - 66
1	4	GLN	GLN	SER	SER	4	A	A	67 - 78	69 - 80
2	4	GLN	GLN	SER	SER	4	B	B	67 - 78	69 - 80
3	4	GLN	GLN	SER	SER	4	C	C	67 - 78	69 - 80
4	4	GLN	GLN	SER	SER	4	D	D	67 - 78	69 - 80
5	4	GLN	GLN	SER	SER	4	E	E	67 - 78	69 - 80
6	4	GLN	GLN	SER	SER	4	F	F	67 - 78	69 - 80
7	4	GLN	GLN	SER	SER	4	G	G	67 - 78	69 - 80
8	4	GLN	GLN	SER	SER	4	H	H	67 - 78	69 - 80
1	5	TYR	TYR	THR	THR	4	A	A	81 - 90	83 - 92
2	5	TYR	TYR	THR	THR	4	B	B	81 - 90	83 - 92
3	5	TYR	TYR	THR	THR	4	C	C	81 - 90	83 - 92
4	5	TYR	TYR	THR	THR	4	D	D	81 - 90	83 - 92
5	5	TYR	TYR	THR	THR	4	E	E	81 - 90	83 - 92
6	5	TYR	TYR	THR	THR	4	F	F	81 - 90	83 - 92
7	5	TYR	TYR	THR	THR	4	G	G	81 - 90	83 - 92
8	5	TYR	TYR	THR	THR	4	H	H	81 - 90	83 - 92
1	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	A	A	93 - 97	95 - 99
2	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	B	B	93 - 97	95 - 99
3	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	C	C	93 - 97	95 - 99
4	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	D	D	93 - 97	95 - 99
5	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	E	E	93 - 97	95 - 99
6	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	F	F	93 - 97	95 - 99
7	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	G	G	93 - 97	95 - 99
8	6	LYS	LYS	LEU	LEU	4	H	H	93 - 97	95 - 99
1	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	A	A	101 - 113	103 - 115
2	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	B	B	101 - 113	103 - 115
3	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	C	C	101 - 113	103 - 115
4	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	D	D	101 - 113	103 - 115
5	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	E	E	101 - 113	103 - 115
6	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	F	F	101 - 113	103 - 115
7	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	G	G	101 - 113	103 - 115
8	7	LEU	LEU	GLY	GLY	4	H	H	101 - 113	103 - 115
1	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	A	A	139 - 160	141 - 162
2	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	B	B	139 - 160	141 - 162
3	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	C	C	139 - 160	141 - 162
4	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	D	D	139 - 160	141 - 162
5	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	E	E	139 - 160	141 - 162
6	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	F	F	139 - 160	141 - 162
7	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	G	G	139 - 160	141 - 162
8	8	PHE	PHE	ASP	ASP	4	H	H	139 - 160	141 - 162
1	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	A	A	189 - 195	191 - 197
2	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	B	B	189 - 195	191 - 197
3	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	C	C	189 - 195	191 - 197
4	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	D	D	189 - 195	191 - 197
5	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	E	E	189 - 195	191 - 197
6	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	F	F	189 - 195	191 - 197
7	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	G	G	189 - 195	191 - 197
8	9	ARG	ARG	LEU	LEU	4	H	H	189 - 195	191 - 197
1	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	A	A	209 - 220	211 - 222
2	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	B	B	209 - 220	211 - 222
3	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	C	C	209 - 220	211 - 222
4	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	D	D	209 - 220	211 - 222
5	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	E	E	209 - 220	211 - 222
6	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	F	F	209 - 220	211 - 222
7	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	G	G	209 - 220	211 - 222
8	10	GLY	GLY	ALA	ALA	4	H	H	209 - 220	211 - 222
1	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	A	A	223 - 241	225 - 243
2	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	B	B	223 - 241	225 - 243
3	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	C	C	223 - 241	225 - 243
4	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	D	D	223 - 241	225 - 243
5	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	E	E	223 - 241	225 - 243
6	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	F	F	223 - 241	225 - 243
7	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	G	G	223 - 241	225 - 243
8	11	PHE	PHE	ASP	ASP	4	H	H	223 - 241	225 - 243

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.591, -0.2919, -0.752), (-0.3082, -0.9432, 0.124), (-0.7455, 0.1585, -0.6474)	0.3241, 2.7791, -0.4161
2	given	(0.9998, 0.0061, -0.0165), (0.0066, -0.9996, 0.0272), (-0.0163, -0.0273, -0.9995)	-32.5448, 38.3717, -10.8344
3	given	(0.6062, 0.3174, 0.7292), (-0.2935, 0.9415, -0.1658), (-0.7392, -0.1135, 0.6639)	-22.1826, -25.8703, 35.9779
4	given	(0.5355, -0.7834, -0.3154), (-0.8405, -0.4581, -0.2892), (0.0821, 0.42, -0.9038)	-22.84, 41.8438, -81.9184
5	given	(0.5186, -0.635, 0.5726), (0.638, 0.7332, 0.2353), (-0.5692, 0.2433, 0.7854)	34.7416, -41.5583, 76.0972
6	given	(0.5317, 0.7778, 0.3351), (-0.8424, 0.4449, 0.304), (0.0874, -0.4439, 0.8918)	-72.5493, 64.9614, 100.1988
7	given	(0.5169, 0.6489, -0.5584), (0.6392, -0.7264, -0.2525), (-0.5695, -0.2264, -0.7902)	-137.2589, -20.1594, -2.942

#1: タンパク質	ADP-RIBOSYL CYCLASE / ADRC / NAD GLYCOHYDROLASE / NAD(+) NUCLEOSIDASE / NADASE 分子量: 29722.102 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) プラスミド: PPICZALPHAA / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P29241, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-AVU / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / arabinosyl-2-fluoro-deoxy-adenosine diphosphate ribose, ara-2'F-ADPR 分子量: 545.307 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂FN₅O₁₂P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1M IMIDAZOLE, PH 7.5, 12-14% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 100035 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 47.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R12

1r12

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 19.454 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27689	4996	5 %	RANDOM
R_work	0.21499	-	-	-
obs	0.21808	94519	87.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.304 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.42 Å²	-0.13 Å²	0.29 Å²
2-	-	-1.21 Å²	1.98 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16113	0	280	294	16687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	16881
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.819	1.981	22916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.933	5	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.965	23.571	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.43	15	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.007	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	12812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.833	1.5	10049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.592	2	16212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.735	3	6832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.404	4.5	6704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1047	medium positional	0.46	0.5
2	B	1047	medium positional	0.36	0.5
3	C	1047	medium positional	0.42	0.5
4	D	1047	medium positional	0.39	0.5
5	E	1047	medium positional	0.36	0.5
6	F	1047	medium positional	0.47	0.5
7	G	1047	medium positional	0.4	0.5
8	H	1047	medium positional	0.49	0.5
1	A	89	loose positional	0.27	5
2	B	89	loose positional	0.3	5
3	C	89	loose positional	0.35	5
4	D	89	loose positional	0.24	5
5	E	89	loose positional	0.27	5
6	F	89	loose positional	0.39	5
7	G	89	loose positional	0.33	5
8	H	89	loose positional	0.37	5
1	A	1047	medium thermal	1.27	2
2	B	1047	medium thermal	1.89	2
3	C	1047	medium thermal	1.36	2
4	D	1047	medium thermal	1.5	2
5	E	1047	medium thermal	1.27	2
6	F	1047	medium thermal	1.46	2
7	G	1047	medium thermal	1.15	2
8	H	1047	medium thermal	1.29	2
1	A	89	loose thermal	1.59	10
2	B	89	loose thermal	1.99	10
3	C	89	loose thermal	1.22	10
4	D	89	loose thermal	1.61	10
5	E	89	loose thermal	1.26	10
6	F	89	loose thermal	1.53	10
7	G	89	loose thermal	1.33	10
8	H	89	loose thermal	1.38	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	325	-
R_work	0.265	5606	-
obs	-	-	70.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0415	0.3193	0.0086	0.5409	-0.144	0.5971	-0.0167	0.3818	0.0748	-0.1953	0.1178	0.0455	0.0826	-0.019	-0.1011	0.1074	-0.0463	-0.0023	0.2205	-0.0051	0.0829	-8.3633	-2.4089	-12.5247
2	1.7342	-0.1718	0.1624	0.5262	-0.1174	1.4845	-0.072	-0.2054	0.0748	-0.0042	-0.0483	-0.0095	-0.0634	-0.0153	0.1203	0.0118	-0.0064	0.0159	0.1395	-0.0377	0.1237	5.6621	5.5006	13.7763
3	1.3215	-0.2992	0.2561	0.6424	0.0441	1.0206	-0.1184	-0.1466	-0.1423	0.4388	0.1897	0.1192	-0.0492	-0.0615	-0.0713	0.3401	0.0876	0.0749	0.1426	0.0479	0.0865	23.9651	40.9814	0.2999
4	1.478	0.1756	-0.0434	0.7855	-0.0754	0.7166	-0.0671	0.1048	-0.0748	0.0738	0.0433	0.016	-0.0048	-0.0497	0.0238	0.0361	0.0052	0.0017	0.1643	-0.0074	0.1103	37.6687	32.1239	-26.04
5	0.7634	-0.4204	-0.0554	1.5698	-1.1388	1.6753	0.0024	-0.1215	0.0694	-0.147	0.168	0.0545	0.1427	-0.1494	-0.1704	0.0227	-0.0317	-0.0094	0.1397	0.0042	0.1119	50.6893	37.979	-54.3315
6	1.3152	-0.4274	0.1968	1.5115	-1.8492	2.5197	-0.0636	0.2186	0.1151	-0.7516	0.2748	0.1506	1.1862	-0.3195	-0.2111	0.6793	-0.133	-0.0804	0.1875	0.0433	0.0602	53.1078	34.4242	-85.1812
7	0.8475	0.2125	0.5124	1.1519	-0.9921	2.4174	-0.1161	0.1471	-0.0967	0.1641	0.0812	-0.0601	-0.2232	-0.0171	0.0348	0.061	-0.034	-0.0155	0.1093	-0.0083	0.1176	81.0122	70.0512	-99.6204
8	1.095	0.7848	0.3285	1.3888	-0.826	1.9826	-0.1707	-0.2159	-0.0601	0.2953	0.0841	0.0066	-0.8416	-0.2229	0.0866	0.3787	0.0686	-0.0488	0.1777	0.0498	0.1094	83.4995	73.0116	-68.7751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 252
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 252
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 252
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 252
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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