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- PDB-4pcr: Crystal structure of Canavalia brasiliensis seed lectin (ConBr) c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pcr
タイトルCrystal structure of Canavalia brasiliensis seed lectin (ConBr) complexed with Gamma-Aminobutyric Acid (GABA)
要素Concanavalin-Br
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / 2-プロパノール / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Concanavalin-Br
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia brasiliensis (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Silva-Filho, J.C. / Teixeira, C.S. / Cavada, B.S. / Nascimento, K.S. / Nbrega, R.B. / Nagano, C.S. / Sampaio, A.H. / Leal, R.B. / Neto, I.L.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Canavalia brasiliensis seed lectin (ConBr) complexed with Gamma-Aminobutyric Acid (GABA)
著者: Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Silva-Filho, J.C. / Teixeira, C.S. / Cavada, B.S. / Nascimento, K.S. / Nbrega, R.B. / Nagano, C.S. / Sampaio, A.H. / Leal, R.B. / Neto, I.L.B.
履歴
登録2014年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Data collection
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-Br
D: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,24716
ポリマ－51,1852
非ポリマー1,06214
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
2
A: Concanavalin-Br
D: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
D: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,49432
ポリマ－102,3704
非ポリマー2,12428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area13020 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area32900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.410, 72.130, 68.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Concanavalin-Br / Con Br


分子量: 25592.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia brasiliensis (マメ科) / 参照: UniProt: P55915

-
非ポリマー , 7種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA / Γ-アミノ酪酸


分子量: 103.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TRIS 0.1 M pH 9.0, amonium sulfate 2.2 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.579
11H+4/2L, -K, -L20.421
反射解像度: 2.15→20.64 Å / Num. obs: 23808 / % possible obs: 89.25 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA5.8.0069データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JU9

3ju9


解像度: 2.15→20.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.911 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23632 2431 10.3 %RANDOM
Rwork0.20023 ---
obs0.2041 21260 89.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.06 Å20 Å2-15.91 Å2
2--6.63 Å20 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→20.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3548 0 62 96 3706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9541.9534982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.33637942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3645462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83824.497149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77215570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8311514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.672.7281863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6652.7281862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0294.0742318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0284.0742319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2422.8671813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2432.8671813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5724.2252665
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.3925.96215575
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.39125.96215576
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.27537123
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.785559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.16157101
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.201 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 181 -
Rwork0.28 1497 -
obs--85.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82860.18570.32981.38880.28680.72870.01390.03580.0684-0.1798-0.0469-0.3211-0.0382-0.03250.03290.1096-0.00070.06790.01890.04230.1929-2.8121-0.814222.3464
21.02630.21180.62951.64650.1351.0350.07430.115-0.0946-0.4025-0.0471-0.04980.0570.0756-0.02730.25170.0452-0.00230.02-0.01440.0265-20.4335-28.95229.948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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