+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nn6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cytokine receptor complex - Crystal form 1B | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / four helical bundle fold / CHR domains / TSLP cytokine signaling / TSLPR and IL-7Ralpha receptors / cell surface (細胞膜) / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / positive regulation of mast cell activation / Interleukin-7 signaling / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / positive regulation of mast cell activation / Interleukin-7 signaling / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of T cell apoptotic process / cytokine receptor activity / regulation of cell size / positive regulation of interleukin-13 production / B cell proliferation / T cell homeostasis / positive regulation of interleukin-10 production / B cell homeostasis / 造血 / T cell differentiation / defense response to fungus / lymph node development / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell morphogenesis / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / T cell differentiation in thymus / 遺伝子発現 / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 炎症 / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.545 Å | ||||||
データ登録者 | Verstraete, K. / van Schie, L. / Savvides, S.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural basis of the proinflammatory signaling complex mediated by TSLP. 著者: Verstraete, K. / van Schie, L. / Vyncke, L. / Bloch, Y. / Tavernier, J. / Pauwels, E. / Peelman, F. / Savvides, S.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nn6.cif.gz | 257.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4nn6.ent.gz | 210.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nn6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/4nn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/4nn6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15109.947 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-140 / 変異: N123Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tslp / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9JIE6 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 25431.809 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 21-239) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il7r, IL7RA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B(DE3) / 参照: UniProt: P16872 |
#3: タンパク質 | 分子量: 22812.354 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 20-222) / 変異: N122Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crlf2, CRLF2 (TSLPR), Crlm2, Tpte2, Tslpr / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8CII9 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.545→50 Å / Num. all: 19531 / Num. obs: 19440 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.545→2.7 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique all: 3031 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4NN5 解像度: 2.545→42.449 Å / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC + TLS / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 32.55 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.545→42.449 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|