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- PDB-4kxz: crystal structure of tgfb2 in complex with GC2008. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kxz
タイトルcrystal structure of tgfb2 in complex with GC2008.
要素
  • GC1008 Heavy Chain
  • GC1008 Light Chain
  • Transforming growth factor beta-2TGF-β
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Cysteine knot (シスチンノット) / Fab / Various growth functions (TGF-beta) / TGF-beta antagonist (GC2008) / TGF-beta receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / substantia propria of cornea development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / ascending aorta morphogenesis / uterine wall breakdown / cardioblast differentiation / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis ...regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / substantia propria of cornea development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / ascending aorta morphogenesis / uterine wall breakdown / cardioblast differentiation / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / regulation of transforming growth factor beta2 production / atrial septum morphogenesis / positive regulation of heart contraction / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / negative regulation of macrophage cytokine production / signaling / secondary palate development / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / glial cell migration / somatic stem cell division / heart valve morphogenesis / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / membranous septum morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / cardiac epithelial to mesenchymal transition / neural retina development / eye development / cranial skeletal system development / embryonic digestive tract development / transforming growth factor beta receptor binding / type II transforming growth factor beta receptor binding / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / cell-cell junction organization / collagen fibril organization / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / dopamine biosynthetic process / embryo development ending in birth or egg hatching / 歯の発生 / Molecules associated with elastic fibres / atrioventricular valve morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / generation of neurons / hair follicle morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of Notch signaling pathway / activation of protein kinase activity / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / inner ear development / uterus development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / 造血 / positive regulation of cell division / hair follicle development / ECM proteoglycans / neuron development / 上皮間葉転換 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell cycle / salivary gland morphogenesis / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / 好中球 / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / response to progesterone / kidney development / skeletal system development / cytokine activity / neural tube closure / positive regulation of protein secretion / growth factor activity / wound healing / cell morphogenesis / negative regulation of cell growth / response to wounding / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / 遊走 / Platelet degranulation / regulation of cell population proliferation / heart development / amyloid-beta binding / positive regulation of cell growth / collagen-containing extracellular matrix / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Mathieu, M. / Moulin, A.G. / Wei, R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Structures of a pan-specific antagonist antibody complexed to different isoforms of TGF beta reveal structural plasticity of antibody-antigen interactions.
著者: Moulin, A. / Mathieu, M. / Lawrence, C. / Bigelow, R. / Levine, M. / Hamel, C. / Marquette, J.P. / Le Parc, J. / Loux, C. / Ferrari, P. / Capdevila, C. / Dumas, J. / Dumas, B. / Rak, A. / ...著者: Moulin, A. / Mathieu, M. / Lawrence, C. / Bigelow, R. / Levine, M. / Hamel, C. / Marquette, J.P. / Le Parc, J. / Loux, C. / Ferrari, P. / Capdevila, C. / Dumas, J. / Dumas, B. / Rak, A. / Bird, J. / Qiu, H. / Pan, C.Q. / Edmunds, T. / Wei, R.R.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-2
B: Transforming growth factor beta-2
D: Transforming growth factor beta-2
E: Transforming growth factor beta-2
H: GC1008 Heavy Chain
J: GC1008 Heavy Chain
N: GC1008 Heavy Chain
Q: GC1008 Heavy Chain
I: GC1008 Light Chain
L: GC1008 Light Chain
M: GC1008 Light Chain
P: GC1008 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,64018
ポリマ－240,26512
非ポリマー1,3756
水4,071226
1
A: Transforming growth factor beta-2
B: Transforming growth factor beta-2
H: GC1008 Heavy Chain
J: GC1008 Heavy Chain
I: GC1008 Light Chain
L: GC1008 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5238
ポリマ－120,1336
非ポリマー3902
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13870 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area46970 Å2
手法PISA
2
D: Transforming growth factor beta-2
E: Transforming growth factor beta-2
N: GC1008 Heavy Chain
Q: GC1008 Heavy Chain
M: GC1008 Light Chain
P: GC1008 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,11710
ポリマ－120,1336
非ポリマー9844
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14310 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area47730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.200, 359.680, 64.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質
Transforming growth factor beta-2 / TGF-β / TGF-beta-2 / BSC-1 cell growth inhibitor / Cetermin / Glioblastoma-derived T-cell suppressor factor ...TGF-beta-2 / BSC-1 cell growth inhibitor / Cetermin / Glioblastoma-derived T-cell suppressor factor / G-TSF / Polyergin / Latency-associated peptide / LAP


分子量: 12732.597 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 303-414 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61812

-
抗体 , 2種, 8分子 HJNQILMP

#2: 抗体
GC1008 Heavy Chain


分子量: 23907.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
GC1008 Light Chain


分子量: 23425.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 232分子

#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL, POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 35% PEG400, 100mM MES, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→48.73 Å / Num. all: 74556 / Num. obs: 74205 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 68.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.83-30.703311829197.3
3-3.20.4045.34111811100
3.2-3.460.2488.35104021100
3.46-3.790.15612.8496311100
3.79-4.230.11217.3887211100
4.23-4.880.07923.3677821100
5.96-8.370.07424.0452241100
8.37-48.730.05232.173158199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEGUIデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.83→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9354 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9069 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.841 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3709 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-74174 99.87 %-
原子変位パラメータBiso max: 149.82 Å2 / Biso mean: 51.0971 Å2 / Biso min: 16.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5523 Å20 Å20 Å2
2---1.3933 Å20 Å2
3----1.159 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.334 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16652 0 73 226 16951
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5667SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes354HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2489HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17149HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2271SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18537SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17149HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg23361HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.06
LS精密化 シェル解像度: 2.83→2.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 266 5 %
Rwork0.2272 5053 -
all0.2313 5319 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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