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- PDB-4ki6: Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotides at -1 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ki6
タイトルTernary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotides at -1 and -2 position
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase
  • DNA/RNA (5'-D(*AP*CP*A)-R(P*GP*G)-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / RIBONUCLEOTIDE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Clausen, A.R. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
著者: Clausen, A.R. / Murray, M.S. / Passer, A.R. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A.
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: DNA/RNA (5'-D(*AP*CP*A)-R(P*GP*G)-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,39213
ポリマ－114,5293
非ポリマー86410
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area41370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.853, 118.400, 127.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド / DNA鎖 , 3種, 3分子 ATP

#1: タンパク質 DNA polymerase / Gp43


分子量: 104689.156 Da / 分子数: 1 / 変異: D327A, D222A, L415F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*AP*CP*A)-R(P*GP*G)-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5582.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 4256.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 5種, 179分子

#4: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 MM TRIS-HCL, 16% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 39756 / Num. obs: 39756 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CQ8

3cq8


解像度: 2.55→35.947 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 1994 5.02 %
Rwork0.1953 --
obs0.1972 39755 97.41 %
all-39756 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→35.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7098 652 42 169 7961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65211075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0752633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5489-2.61260.32681320.27992383X-RAY DIFFRACTION87
2.6126-2.68320.27771530.26662548X-RAY DIFFRACTION94
2.6832-2.76220.33981490.25492677X-RAY DIFFRACTION98
2.7622-2.85130.29131420.25132706X-RAY DIFFRACTION99
2.8513-2.95320.28521400.24532738X-RAY DIFFRACTION99
2.9532-3.07130.32631380.24782700X-RAY DIFFRACTION99
3.0713-3.2110.28351280.23672761X-RAY DIFFRACTION99
3.211-3.38020.25981410.22482725X-RAY DIFFRACTION99
3.3802-3.59180.25231420.20482711X-RAY DIFFRACTION99
3.5918-3.86880.24031540.18832730X-RAY DIFFRACTION98
3.8688-4.25760.17371450.16322734X-RAY DIFFRACTION98
4.2576-4.87240.19051410.14492735X-RAY DIFFRACTION99
4.8724-6.13380.18761670.17352754X-RAY DIFFRACTION98
6.1338-35.95060.22211220.18292859X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58770.655-0.72823.5565-0.69921.05270.17630.07610.12310.1363-0.1826-1.1356-0.14490.1263-0.01180.3793-0.0077-0.03680.52410.09181.0828.537360.397133.7802
21.06680.4466-0.9513.67190.21861.34260.0285-0.10530.07460.7139-0.1949-0.4603-0.06490.08540.19410.5455-0.0009-0.23320.42910.02410.470112.516135.097754.9806
30.763-0.96251.56863.7769-1.30043.4029-0.477-0.5010.58720.2212-0.43631.3974-0.63050.34680.86230.95420.233-0.24011.0318-0.29171.00920.866656.345153.2452
41.56830.30150.30581.06440.6182.3234-0.0013-0.08820.02020.1673-0.0290.1523-0.0358-0.35240.04670.28820.0437-0.03910.37760.0460.31142.32537.554740.9
50.63710.09020.00722.3933-0.31730.7113-0.03680.07360.0671-0.054-0.0726-0.41680.0367-0.03930.08940.28510.01740.02230.38-0.01640.34377.341545.622429.6454
61.3734-0.13320.17452.4575-1.14311.92520.00930.29710.1081-0.83-0.127-0.45660.27910.13720.07950.56180.05380.20060.49070.04380.34238.01850.37919.947
71.4333-0.62690.0211.0820.80180.81020.02610.5915-0.6711-0.7516-0.3281-0.32611.45140.03520.2671.26330.12850.23190.5905-0.14820.74649.520921.642419.1902
81.82250.4659-0.10222.0775-0.17090.3875-0.05320.6488-0.0627-0.82720.0317-0.06530.2293-0.00250.04730.73660.01370.07580.55410.02580.3205-1.47848.2894.7094
92.1852-0.1687-0.32172.09050.15873.0978-0.1449-0.1776-0.24130.00090.01940.42130.2424-0.19220.12640.3256-0.01680.00780.37110.0530.4555-18.752137.720332.6687
102.06851.670.04161.34360.0345-0.0006-0.1342-1.4472-0.3106-0.2669-0.8024-0.4253-0.1106-0.04230.88180.6175-0.142-0.18930.8587-0.01260.7358-36.766332.429415.1113
112.2842-1.12212.04653.57931.15363.3845-0.52350.8624-0.2035-0.22660.73711.2180.9295-0.42350.10340.6940.0840.0051.18270.12211.4058-33.968458.236129.7864
127.7817-2.99221.61388.6112-1.2887.0085-0.67841.01771.67250.46990.8250.9336-0.9134-0.48660.03920.401-0.0075-0.05910.5720.08820.8253-16.914957.272733.8098
132.72630.52920.69463.9037-0.06510.1905-0.18130.4572-0.0165-0.86040.396-0.6995-0.1627-0.4319-0.34040.44890.00960.05760.53590.01130.3969-8.149947.35124.7876
145.5613-2.3674-1.75326.9106-2.51882.4338-0.2239-1.11730.82561.10330.1625-0.1908-0.24830.15070.06850.46990.03390.03840.5811-0.07490.46034.643158.472730.4364
154.73741.85780.73110.89510.53990.4914-0.7720.28841.4208-1.02560.25260.3462-0.0192-0.09840.5710.4449-0.0547-0.06040.54280.15560.7312-10.147755.212121.8924
164.8374-0.7925-2.69823.7555-0.37954.2421-0.1450.66720.82050.22180.28390.6665-0.277-1.47560.16910.39750.0640.05560.71340.04110.684-23.170251.576331.8097
171.8855-0.2610.67290.0788-0.01320.3642-1.03230.68630.70430.80420.419-0.01960.36610.93280.42580.61360.1924-0.04010.85260.01671.4363-37.431663.877732.5923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:108)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 109:250)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 251:261)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 262:310)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 311:413)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 414:510)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 511:557)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 558:683)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 684:883)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 884:902)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain P and resid 102:107)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain P and resid 108:111)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain P and resid 112:115)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain T and resid 1:4)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain T and resid 5:8)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain T and resid 9:12)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain T and resid 13:18)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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