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- PDB-4khs: Ternary complex of RB69 mutant L415F with a ribonucleotide at 0 p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4khs | ||||||
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Title | Ternary complex of RB69 mutant L415F with a ribonucleotide at 0 position | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / RIBONUCLEOTIDE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() bidirectional double-stranded viral DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clausen, A.R. / Pedersen, L.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases. Authors: Clausen, A.R. / Murray, M.S. / Passer, A.R. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 431.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 344.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4khqC ![]() 4khuC ![]() 4khwC ![]() 4khyC ![]() 4ki4C ![]() 4ki6C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA chain / DNA/RNA hybrid , 3 types, 3 molecules APT
#1: Protein | Mass: 104689.156 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D327A, D222A, L415F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA chain | Mass: 4256.766 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#3: DNA/RNA hybrid | Mass: 5566.604 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 5 types, 673 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-TTP / | #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 50 MM TRIS-HCL, 10% PEG350, 220 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 7.5, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 9, 2010 |
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 66285 / Num. obs: 66285 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / % possible all: 99.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→27.077 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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