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Yorodumi- PDB-4khy: Ternary complex of rb69 mutant L415F with ribonucleotide at -3 po... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4khy | ||||||
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Title | Ternary complex of rb69 mutant L415F with ribonucleotide at -3 position | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / RIBONUCLEOTIDE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information bidirectional double-stranded viral DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage RB69 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Clausen, A.R. / Pedersen, L.C. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases. Authors: Clausen, A.R. / Murray, M.S. / Passer, A.R. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4khy.cif.gz | 423.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4khy.ent.gz | 341.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4khy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4khy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4khy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4khqC 4khsC 4khuC 4khwC 4ki4C 4ki6C 3cq8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / DNA/RNA hybrid / DNA chain , 3 types, 3 molecules ATP
#1: Protein | Mass: 104689.156 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage RB69 (virus) / Gene: 43 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase |
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#2: DNA/RNA hybrid | Mass: 5552.578 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: TEMPLATE STRAND |
#3: DNA chain | Mass: 4256.766 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: PRIMER STRAND |
-Non-polymers , 4 types, 493 molecules
#4: Chemical | ChemComp-TTP / | ||||
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#5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 7.5 Details: 50 MM TRIS-HCL, 17.5% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 23, 2011 |
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 50172 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.33 Å / % possible all: 88.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CQ8 Resolution: 2.25→22.34 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / Phase error: 25.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.15 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→22.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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